[1][2][3][4][5]Llegó a ser el asesor del Tribunal de cuentas, puesto que le correspondía al oidor.
Es importante mencionar que Vergara conocía al líder de los comuneros, Juan Francisco Berbeo, debido a sus lazos de amistad y conocidos en común desde la niñez.
Debido a esto, el arzobispo tuvo que ponerles vigilancia, y Groot de Vargas, enemigo del marqués, se prestó para infiltrarlos con espías.
[10]En respuesta, junto con el alcalde de la ciudad, Galavís Hurtado del Águila, se prepararon para sorprender al grupo insurrecto.
Terminaron siendo detenidos, encarcelados y desterrados por períodos de 10 a 20 años.
Murió ejerciendo la función de mayordomo y fue enterrado en la capilla del sagrario junto a sus familiares.
Clemencia, tras casarse con el Oidor Joaquín Aróstegui y Escoto, fue precursora de la educación femenina en la región.
Los hijos de Francisco y Petronila ocuparon cargos destacados en los gobiernos poscoloniales.