Vergara fue uno de los españoles de poder, posición y riqueza que comenzaron a establecerse en las colonias americanas del sur a principios del siglo XVII.

En 1657 se le concedió la encomienda de Chitasuga y Churuaco.

La casa colonial construida por Antonio sigue en pie hoy en Madrid, Cundinamarca, Colombia.

Durante su largo mandato como tesorero, que se extendió por 50 años, Vergara enfrentó acusaciones de corrupción en su administración.

Las acusaciones incluían el uso indebido de prerrogativas reales como los quintos y el signiaje.

Sin embargo, los resultados siempre fueron a favor de Vergara Azcárate, demostrando su inocencia.