Se educó en el Colegio Mayor de Nuestra señora del Rosario donde posteriormente fue rector en el año 1812. fue admitido como abogado de la Real Audiencia y aceptó nombramientos como agente fiscal del crimen y síndico del cabildo cargos que ostentó por 31 años.

Su prestigio creció en el virreino, en la Real Audiencia y en las autoridades virreinales por lo cual en 1800 es ascendido a la dirección de la fiscalía del crimen y en 1804 a agente fiscal de lo civil.

Además, fue corresponsal permamente de Antonio Villavicencio mientras este estaba en España.

[12]​[13]​ Con ella, Francisco tuvo al político Estanislao Vergara y Sanz de Santamaría, quien llegó a ocupar la presidencia de Colombia como designado (presidente interino elegido por el Congreso o Parlamento)[14]​[15]​ y la activista Antonia Vergara y Sanz de Santamaría.

Su hijo Estanislao se casó con Teresa Tenorio Santacruz, parienta de los próceres de Colombia, Francisco José de Caldas y Camilo Torres Tenorio, y fue padre del diplomático y periodista José María Vergara Tenorio.