El documento de fundación está perdido y los distintos historiadores e investigadores han ido barajando fechas acordes con otros acontecimientos y con los viajes que el propio san Francisco hiciera a España para fundar conventos.
El amplio solar estaba situado extramuros pero pegado a la gran extensión que por entonces se utilizaba como mercado.
En todo este enorme solar estaban las dependencias monacales, iglesia, varios claustros, hospedería, huerta, corrales y jardines.
Además había casas de viviendas particulares vendidas o cedidas por los propios franciscanos, el hospital de Juan Hurtado y unas dependencias concejiles junto a la puerta principal que daba al mercado.
En los últimos años del siglo siglo XIX, Antonio Ortiz Vega mandó construir un palacio de grandes proporciones, con amplio jardín, cuyo perímetro se extendía desde la calle del Duque de la Victoria (antigua Olleros) hasta la nueva vía de Menéndez y Pelayo (antes Mendizábal); en 1900, dicho palacio pasó a ser la sede del Banco Castellano.
[24] En 1884 se construyó el Teatro Zorrilla, dando su fachada a la acera de San Francisco.
Entre otros muchos enseres se contabilizaron 8 lámparas de bronce o metal dorado, 16 confesonarios y 22 altares.
Se entraba en la capilla mayor por un arco apuntado y estaba separada del resto de la iglesia por una reja.
Contenía la capilla mayor varias obras de arte y lienzos muy valiosos, inventariados en 1809.
Fray Hernando trajo desde América la imagen de Copacabana que fue muy querida y venerada.
La capilla resultó ser un espacio bastante amplio, casi como una pequeña iglesia con capilla mayor, crucero, altar mayor y dos colaterales más otros dos en la nave, sacristía y coro con un pequeño órgano.
[40] Se rehízo la puerta principal de salida a la capilla mayor y se abrieron otras cuatro más pequeñas que daban salida al cuerpo de la iglesia y a la sacristía.
En el cuarto que había junto al camarín, para uso del sacristán, se inventarió una alacena, láminas con marcos sobredorados, dosel con forro de tisú, siete sillas de paja, una cama con tres colchones, una mesa, dos baúles pequeños, un arca.
Sobremonte escribe sobre esta imagen calificándola de buenísima y dice que se la conocía como San Antonio el Rico para distinguirla de la capilla conocida como San Antonio el Pobre.
[i] Estaba situada en el muro sur de la iglesia que daba al claustro.
Pintores II (Valladolid 1956), dice que en 1612 Diego Valentín Díaz pintaba un lienzo para colocar entre las dos puertas del coro.
Era como una verdadera iglesia, con altar mayor y ocho capillas distribuidas a derecha e izquierda.
[52] Estaba situada junto a la nave de Santa Juana en el primer patio según se entraba por la puerta principal.
Tenía un altar con un Cristo acompañado de la Virgen y Juan Evangelista, donde siempre había una vela encendida.
Se cubría con bóveda de crucería con terceletes y estaba bien reforzada con contrafuertes.
El claustro mayor estaba situado junto al muro sur de la iglesia.
En el siglo XVII estaba adornado con un zócalo de azulejos y su suelo enchinarrado haciendo dibujos geométricos.
Los libros antiguos del convento dicen que sirvió como primitiva iglesia para la comunidad cuando todavía no se había construido la otra.
Pertenecía a la familia Vitoria que ostentaba el patronazgo en la figura del tesorero Luis de Vitoria quien invirtió mucho dinero en arreglarla, ponerle reja, retablo de 1622 y adornos, incluidos sus escudos en las paredes.
La capilla tuvo dos buenas rejas, una que la separaba de la iglesia y la otra del claustro.
Más tarde hubo un nuevo acuerdo por el que la cofradía decía que se conformaba para sus juntas con «... la sala donde se lee teología [...] donde hasta ahora han hecho y hacen sus juntas los cabildos [...]», y a cambio declinaban la obligación de enterrar a los frailes.
En 1622 la comunidad encargó un nuevo retablo para su capilla mayor y trasladó a la caja central la Inmaculada de Gregorio Fernández.
En el convento se llevaban a cabo todos los actos sociales y religiosos de esta comunidad.
El segundo retablo se concertó con los hermanos doradores Claudio y Cristóbal Martínez de Estrada.
Las nuevas calles abiertas en su solar no evocan al transeúnte lo que hubo allí edificado un siglo atrás.