El proceso de construcción se hizo desde el interior hasta al exterior; su patio principal y los salones y celdas que se abrían a este tienen una cronología más antigua que la fachada principal: la ausencia de una granada en los escudos reales, colocados en las esquinas del patio, indica que se hizo antes de 1492.

En el tímpano principal y sobre el dintel decorado con flor de lis aparece la dedicatoria y la ofrenda del Colegio por parte del fraile dominico Alonso de Burgos a san Gregorio Magno en presencia de San Pablo y Santo Domingo.

La presencia del escudo de los Reyes Católicos, sostenido por leones y por el águila de San Juan podría tener una significación política o podría ser una alusión a la dedicación del edificio a la Monarquía, a la que Alonso de Burgos nombró heredera y patrona del Colegio.

Sus dos pisos se levantan sobre pilares helicoidales decorados sus capiteles con medias bolas y lises separados ambos por el tema de la cadena.

En las arquerías del piso superior se encuentra toda la decoración mediante calados pretiles de tracería gótica y cortinas pétreas que al abrirse originan arcos geminados de guirnaldas y follaje, entre los que juguetean niños, concebido con una talla muy plana próxima al estilo renacentista.

El acceso al piso superior se realiza a través de una sola escalera con pretiles góticos a los que se suceden los paramentos almohadillados de su caja decorada también con el timbre heráldico del fundador y con un artesonado mudéjar, en cuyo friso se pueden observar las iniciales de los Reyes Católicos y que cierra todo su ámbito.

Su construcción no estuvo exenta de incidentes; se multó a sus artífices en 1488 por haberse considerado defectuosa su fábrica.

Del antiguo mobiliario religioso de la capilla hoy no queda nada en su interior.