Se encuentra en la plaza de San Pablo, lugar donde se hallan también el palacio Real y el palacio de Pimentel, los llamados sitios reales en siglos pasados.
Por otra parte, sería diez años más tarde cuando la reina María de Molina dedicó grandes esfuerzos para que se llevara a cabo la construcción formal del convento situado en un solar cedido por el Concejo a los dominicos al norte de la ciudad.
Se concluyó la cabecera, el crucero y la nave con cubierta de madera.
Participaron en este cometido los arquitectos hispanoflamencos Juan Guas y Simón de Colonia.
Durante este periodo se llevó a cabo una singular concentración de elementos decorativos, fundamentalmente esculturas góticas, y se levantaron las torres que flanquean la fachada.
En el siglo XIX con la invasión francesa, las tropas napoleónicas profanaron la iglesia y el convento causando graves daños.
En 1968 la iglesia sufrió un incendio[3][4] y en los años siguientes se llevaron a cabo varias restauraciones.
[6][7] En 2023 se vuelven a poner los andamios aunque esta vez en el lateral de la iglesia para arreglar el ábside y la fachada del crucero norte.