Juan Gómez de Nates y Fernández de Alvear o Juan de Nates (Secadura, Junta de Voto, hacia 1545-Valladolid, hacia 1613) fue un maestro cantero y arquitecto español.
Aprendió el oficio junto a su padre en Valladolid, ciudad donde residió la mayor parte de su vida y donde se registran la mayor parte de sus obras.
Es hijo del maestro Pedro Gómez de Nates y se casa con María de la Vega, hija de Juan de la Vega, también cantero y maestro del propio Juan de Nates.
Discípulo de Juan de Herrera, fue junto con Juan Ribero de Rada el mayor difusor del clasicismo en la Meseta Norte.