Siguiendo a Palomino, añadía Ceán Bermúdez que Cárdenas se encontraba ya muy acreditado en Madrid en 1601, cuando al trasladarse la corte a Valladolid el duque de Lerma le llevó con él para trabajar en la iglesia de San Pablo donde pintó, entre otros, los lienzos del altar mayor, para retornar luego a Madrid, donde habría fallecido en 1606.[2] El mismo año firmó junto a Patricio y Eugenio Cajés, Orazio Borgianni y otros pintores el acta fundacional de la proyectada Academia madrileña de San Lucas.[5] Ya Palomino le atribuyó en el mismo lugar los cuadros de su altar mayor, otro de la Última Cena en el refectorio y una Gloria de grandes dimensiones que ocupaba todo el testero del coro, estos últimos perdidos.[10] Un año después se encontraba efectivamente en Madrid, donde Juan Andrés de la Roble, pintor desconocido que debía de trabajar para otros pintores, declaraba en su testamento que Cárdenas le debía «un lienzo ordinario pintado en el un Niño peregrino con sus pasos de la Pasión».Inmediatamente regresó a Valladolid, donde hacia 1620 residía un hijo, Juan de Cárdenas, dedicado a pintar «frutas y flores, con que los aficionados adornaban sus cámaras», según decía Ceán Bermúdez, tomando su información de Lázaro Díaz del Valle, quien pudo ver alguna de sus pinturas en la colección de Diego Baltodano y apuntaba por ello que eran muy apreciadas por los inteligentes.
Bautismo de santo Domingo de Guzmán y revelación de santo Domingo de Silos a doña Juan de Aza, su madre
, óleo sobre lienzo, 247 x 427 cm, Valladolid, Museo Nacional de Escultura