Desde esta fecha y en los ocho años siguientes, tanto él como su colega, el consejero Granvela, acompañarán al emperador allá donde vaya dentro y fuera de las fronteras del imperio.
A partir del primer cuarto del siglo XVI, Cobos empieza a enfrentarse con las dificultades económicas derivadas de las costosas guerras europeas que mantiene Carlos I en Europa contra Francia y en la península itálica.
Estas dificultades irán acrecentándose hasta el final de su carrera y no verán solución, por lo que el problema pasará al sucesor del emperador.
[3] Hay otra faceta en la que Francisco de los Cobos se destaca especialmente: El mecenazgo y apoyo al arte.
Si bien detrás del mismo no existe verdadera devoción artística, sino una clara intención de acumular obras valiosas, su actitud tiene una influencia decisiva, como se verá, gracias a su contacto con Italia, fruto de su cargo.
Más tarde, encargará a otros dos pintores embellecer sus casas de Valladolid y Úbeda.
[4] En 1530 se encuentra con Tiziano por primera vez, pero no prestó mucha atención al artista.
El retrato se ha perdido y sólo podemos conjeturar sobre su apariencia por una entalladura de Giovanni Brito y una copia de Rubens (Yorkshire, Nidd Hall, Colección Lord Mountgarret).
En 1533 Ferrante Gonzaga, duque de Mantua, encarga a Sebastiano del Piombo un cuadro para Cobos de una Madonna a guisa di quella della febre de Miguel Ángel, que no será concluido ni entregado a Cobos hasta 1539.
No obstante, estas obras se pierden en su traslado a España al naufragar la galera que las transportaba.
Como nota anecdótica, cabe citar que tras una interminable lista de títulos, terrenos e inmuebles, aparece en primer lugar una "cama de estado" con una prolija descripción, ocho tapices de colgar y tres alfombras que habían pertenecido a Barbarroja, posiblemente regalo del Emperador.
Por desgracia, esta pieza resultó seriamente dañada en la guerra civil española, perdiéndose algunos de sus fragmentos, si bien las partes conservadas fueron remitidas a Florencia en 1995 para intentar su restauración.
Finalmente la obra, confirmada su autoría a Miguel Ángel, se ha recompuesto en 2013 tras un complejo trabajo de reconstrucción y actualmente se prepara su emplazamiento definitivo en la Sacra Capilla del Salvador, para volver a ser expuesta.