[1]​ Su familia tenía una posición desahogada, ya que su padre concedió varios lugares y fincas al monasterio de Santa María de Huerta, situado entre Castilla y Aragón.

Posteriormente el rey de España y emperador del Sacro Imperio lo nombra secretario íntimo y consejero de su hijo Felipe II.

Padre del conocido Antonio Pérez, el cual también fue secretario de Estado con Felipe II.

Sus detractores atribuyen dicha paternidad después de su ordenamiento como clérigo.

Tradujo al castellano por vez primera de forma completa una obra de Homero: La Ulisea, publicada en 1550 en Salamanca y Amberes los cantos I-XIII (reimpresión tres años después) y en 1556 el poema entero en Amberes.

Porque quizá mejor me fuera, Y no acaba en esta suerte tan malina.

Ni aun de mi libertad; y ansí fatiga