Puesto que Gonzalo había sido ordenado sacerdote, sus enemigos le acusaron de haber engendrado a Antonio tras su ordenación, acusación siempre negada por Gonzalo pero que empañaría el origen de Antonio.

Por otra parte, Gregorio Marañón considera que hay indicios de que Antonio podría haber sido hijo natural del príncipe de Éboli (Ruy Gómez de Silva),[3]​ en cuyas tierras se crio y cuya protección recibió en diversas ocasiones, prestándose Gonzalo Pérez a admitir su paternidad como favor al destacado aristócrata.

Esto hizo que Felipe II comenzara a desconfiar de él.

Felipe II concedió finalmente los asuntos mediterráneos e italianos a Gabriel de Zayas.

Durante sus primeros diez años de secretario, Antonio Pérez ejerció una gran influencia sobre Felipe II, el cual normalmente seguía sus consejos reconociendo su inteligencia, conocimiento en los asuntos del Estado e instinto infalible.

Esta confianza real le sirvió para conseguir más poder y, como la mayoría de sus contemporáneos, enriquecerse en su cargo.

Por ello, Antonio culpó a Escobedo por las ambiciones de don Juan y aconsejó al rey eliminarlo.

Felipe II intentó en un principio proteger a Antonio Pérez, en parte por su propio sentimiento de culpabilidad y en parte por lo que podía revelar, pero cuando su hermano don Juan murió y sus documentos llegaron a Madrid, descubrió la trama y mentiras de Antonio Pérez, dándose cuenta de que don Juan siempre había sido leal.

El Justiciazgo aragonés era una antigua institución medieval que existía desde 1115, era considerada (después del Rey) como la segunda institución más importante del Reino de Aragón, está no podía ser influenciada ya que era independiente al poder real, era también el órgano encargado de hacer cumplir y defender los fueros de Aragón frente a los abusos del rey o cualquier potencia agresora, externa o interna (el famoso lema: "En Aragón antes fueron leyes que reyes" haría referencia al legendario fuero de Sobrarbe, el más antiguo según las crónicas aragonesas).

Años más tarde, Pérez se trasladó a Inglaterra, y queriendo asegurar su nueva posición en el país reveló secretos e información militar que sirvió para el ataque inglés a Cádiz de 1596, además de estimular la leyenda negra contra Felipe II por los estados rivales de la monarquía hispánica.

Antonio Pérez dejó diversos escritos, que tratan de justificar su conducta.

Sus escritos políticos influyeron significativamente sobre Spinoza, particularmente en su Tractatus Politicus,[4]​ obra en la que el filósofo neerlandés llega a mencionar expresamente a Pérez y a citar literalmente Las obras y relaciones de este último en algunos pasajes (un ejemplar, impreso en Ginebra en 1644, figuraba en la biblioteca particular de Spinoza).