Hasta la muerte de Ruy Gómez, en julio de 1573, le acompañó en destacados cometidos en la Corte.

Durante esta etapa, Escobedo viajó varias veces entre Flandes y España a requerimiento de don Juan para conseguir que el rey aprobara los fondos que sufragaran sus proyectos de paz con los rebeldes flamencos, salida de los Tercios de los Países Bajos, para utilizarlos en la invasión de Inglaterra, rescatando a María Estuardo de su prisión, casándose con ella y reimplantando el catolicismo en aquel reino, tras el destronamiento forzado de Isabel I de Inglaterra.

[1]​ Este lóbrego incidente de intrigas y confabulaciones, uno de los más oscuros del reinado de Felipe II y al que posteriormente se ha llegado a involucrar al propio rey, se ha puesto en relación con el hecho de que Juan de Austria y Escobedo, una vez resueltos favorablemente los grandes problemas de los Países Bajos, escribieran al rey transmitiéndole su deseo de regresar a España para, visto el éxito, encargarse de la política del monarca.

Temeroso Antonio Pérez que se descubriera su doble juego y manejando al monarca a su favor, aprovechó la ocasión de que Juan de Escobedo regresase a la corte para ordenar su muerte.

[2]​ Pérez cayó en desgracia en julio de 1579, detenido a la vez que la Princesa de Éboli, sería sometido a un largo proceso judicial con potro de tortura incluido, huyendo en abril de 1590 a Aragón para refugiarse en sus Fueros primero y cruzando la frontera a Francia después, sin poder ser cumplida su sentencia de muerte.