En unas fuentes se encuentra que nació en 1545, como en la primera biografía oficial escrita en 1627 por Vander Hammer,[1]​ que es la más fiable por haber sido escrita a los pocos años de su muerte, y especifica además lugar, día y hora: en Ratisbona el 25 de febrero, a las 12:30.

Se difundieron rumores sobre la paternidad del niño, que Quijada negó, y escribió al rey pidiéndole instrucciones.

Tuvieron como maestro a Honorato Juan Tristull, discípulo de Luis Vives.

Don Juan de Austria solicitó al rey permiso para unirse a la armada, pero le fue denegado.

Visto que su hermano no tenía inclinación por la carrera eclesiástica prevista por su padre, el rey Felipe II lo nombró capitán general de la Mar.

El príncipe Carlos, probablemente debido al cargo que tenía su tío y también por la amistad que desde hacía años le profesaba, confió a don Juan de Austria sus planes de huir de España y pasar a los Países Bajos desde Italia, para lo cual necesitaba galeras que le facilitasen el paso a Italia.

A finales de ese año, casi doscientos pueblos empezaron la revuelta.

Puso a su lado consejeros de confianza con los que debía deliberar, entre ellos Requesens.

Don Juan de Austria ordenó el asalto general, usando artillería y estratégicas minas.

Pronto tomó Terque y dominó todo el valle medio del río Almanzora.

La Liga Santa fue un proyecto que, desde 1568, había alentado el papa San Pío V y respecto al cual Felipe II se mostraba reacio.

La noticia llegó en junio a Madrid, y el rey se demoró veinte días para redactar las instrucciones concretas que debía llevar su hermano.

Así lo señalan historiadores como Braudel o M. Fernández Álvarez, y testimonian contemporáneos como Miguel de Cervantes.

Con ellas, la flota española se hizo la más poderosa del Mediterráneo, si bien no pudo explotar esa ventaja debido a la escasez de remeros.

Al tiempo, reforzó su ambición: deseaba un reino propio, así como el tratamiento de alteza que sistemáticamente le era negado.

Al año siguiente, la República de Venecia firmó la paz por separado con los turcos.

Ahora, la armada española podía seguir sus propios objetivos, y don Juan no desperdició la ocasión: pidió autorización para emprender la conquista de Túnez.

Nuevamente se ofrecía la posibilidad de un reino propio, esta vez conquistado por él mismo.

Era evidente que Felipe II no llegaba a confiar plenamente en las intenciones de su hermano.

Utilizó a su secretario, Antonio Pérez, como medio para conocer y controlar las ambiciones de don Juan.

La permanencia de don Juan en Italia, sin embargo, favoreció que Uluj Alí recuperara Túnez.

Sobre una eventual invasión de Inglaterra, Felipe II no se manifestó concluyentemente.

Después de esa conversación, Bárbara Blomberg, que siempre se había negado a vivir en España, aceptó marchar a la Península, donde se le asignó casa y pensión y acabó falleciendo en Colindres.

Para mayo parecía que la situación se había pacificado y don Juan de Austria pudo entrar triunfalmente en Bruselas.

En septiembre, Guillermo de Orange planteó su ultimátum: debía entregar todas las ciudades, licenciar las tropas y retirarse a Luxemburgo.

La llegada de los tercios permitió que don Juan emprendiera una ofensiva militar.

Su actividad política está menos estudiada, en particular la diplomacia desarrollada en Lombardía y el resto de Italia.

Se le reprocha su tardanza en llegar una vez que recibió las órdenes de desplazarse allí, pues se considera que podría haber evitado el saqueo de Amberes por las tropas españolas.

De sus relaciones con su hermano Felipe II, se suelen mencionar los celos por parte del rey hacia sus ambiciones.

Un personaje histórico con una vida de episodios tan novelescos, muerto además en plena juventud, inevitablemente acaba convirtiéndose en figura literaria.