[2] Comenzó muy pronto su trabajo en la Secretaría de Felipe II -casi al tiempo de su tonsura clerical, cuando tenía 20 años- y siguió al príncipe en sus viajes, estando en Inglaterra los años 1554-1555 en el séquito que le acompañó en su enlace con María Tudor.
Zayas, que influyó mucho en la designación de Antonio "por gratitud a la memoria de su padre Gonzalo", se vio desde el principio comprometido por la ambición éste.
En 1579 Zayas es nombrado por el rey secretario del Consejo de Italia, cargo que pretendía Antonio Pérez, que a partir de entonces no disimularía su enemistad hacia él.
Vázquez escribía a Felipe II en marzo de 1579: "se encontraron Zayas y Antonio Pérez en la galería, y no se descubrieron ni hablaron el uno al otro".
Desde finales de 1592 estaba ya enfermo en cama y otorgó testamento.