No tuvo hijos en su matrimonio, pero sí uno extramatrimonial, Fernán Sánchez de Zafra, al que legitimó en 1483.
Desde 1488 se encargó del aprovisionamiento y reparación de las plazas ganadas.
En ese año fue nombrado secretario real, y en 1489 intervino por primera vez en negociaciones diplomáticas (la capitulación de Almuñécar).
Tras la muerte de Isabel la Católica fue confirmado en sus cargos por Felipe el Hermoso.
[6] En la empresa del descubrimiento del Nuevo Mundo, Zafra no parece que tuviera gran intervención, aunque consta que el 25 de mayo de 1493 seleccionó veinte lanzas jinetas a caballo de la Santa Hermandad y obreros capacitados para hacer acequias, para incorporarse al segundo viaje de Colón.