Juan Vázquez de Molina (Úbeda; c.

Entre 1535 y 1538 fue secretario para los asuntos de Castilla.

Cuando el emperador Carlos V marcha a Flandes en 1539 y en 1543, Vázquez le acompaña como su secretario y regresa a España en 1545 para ayudar a su anciano tío, el secretario de Estado Francisco de los Cobos,[nota 1]​[nota 2]​ al que sucede en el cargo tras su muerte en 1547.

Se convirtió en el personaje más importante del Gobierno castellano hasta el regreso de Felipe II a la Península en 1559.

Tras su muerte, el patronato del convento lo ostentará los sucesores que ha establecido en su testamento: su mujer, Luisa de Mendoza; su sobrino, Juan Vázquez de Salazar, secretario de Felipe II, señor de la Villa de El Mármol, y su heredero; el hijo de éste, Luis Molina Salazar; su hijo, Juan Molina Salazar Enríquez de Navarra y, tras la muerte de este último, los parientes varones del fundador, sucesores con los apellidos Molina, Mosquera o Mesía.