[28]​ Y según refieren las crónicas de la época, cuando el infante Pedro observó desde su campamento que la flota castellana que bloqueaba Algeciras había sido destruida, ordenó levantar el real[25]​ y huyó hacia Jerez de la Frontera,[23]​ dejando tras él numerosas máquinas de asedio, armas y otros bienes que no podían llevar con ellos, aunque algunos cronistas árabes señalaron que cuando los defensores de Algeciras tomaron el campamento cristiano se apoderaron de numerosos «despojos, dinero, frutas, odres, cebada y harina en cantidad inmensa», lo que según González Jiménez contradice totalmente lo manifestado en la Crónica de Alfonso X, donde se dice que la falta de provisiones entre los castellanos contribuyó de forma considerable al desastre sufrido por los cristianos,[25]​ que después emprendieron la retirada hacia Sevilla.

[33]​ Y en dicha asamblea, que según el mismo historiador tuvo el carácter de Cortes o al menos de «ayuntamiento» de los principales concejos castellanos, se trató el asunto del desastre ocurrido poco antes en Algeciras y se planeó una campaña contra los granadinos para el año siguiente, y posiblemente Alfonso X intentó conseguir además que su nieto Dionisio I de Portugal, que había comenzado a reinar en Portugal en 1279, le apoyase en su lucha contra los granadinos, lo que justificaría en opinión de dicho historiador que esa asamblea fuera convocada precisamente en Badajoz.

[34]​[35]​ En 1281 el infante Pedro participó en la campaña que Alfonso X organizó contra el reino de Granada,[37]​ y en la que también tomaron parte sus hermanos Sancho y Alfonso Fernández el Niño, que falleció en ese mismo año.

[38]​ Y la campaña llevada a cabo por los castellanos fue tan violenta y devastadora que el rey Muhammad II de Granada solicitó una tregua y se comprometió si era necesario a entregar en concepto de parias a Alfonso X la tercera parte de todas sus rentas.

[38]​ Tras la muerte del infante Fernando de la Cerda, que falleció en 1275 y era el heredero del trono, surgió un grave enfrentamiento por suceder a Alfonso X entre los infantes de la Cerda, que eran los hijos del fallecido Fernando, y el infante Sancho, que en esos momentos era el hijo mayor que quedaba con vida de Alfonso X.

[40]​ Y a finales de 1281, según consta en la Crónica de Alfonso X,[41]​ los infantes Pedro y Juan se reunieron con su hermano Sancho en Córdoba[42]​ y se comprometieron a apoyarle para que consiguiera el trono incluso si fuera necesario en contra de los deseos de su padre, por lo que la ruptura entre este último y ellos quedó consumada: «et pusieron su pleito con él que se ternían con él contra el rey don Alfonso su padre».

[41]​ Y el infante Sancho consiguió además en esos momentos, según señala González Jiménez, el apoyo del concejo de la ciudad de Córdoba.

[45]​ Y, por otra parte, hay constancia de que ya en 1282 el infante Pedro era señor de Ledesma, Granadilla, Miranda del Castañar, Galisteo y Montemayor del Río, y también consta que en ese mismo año también era señor de Sabugal y de Castelo Rodrigo, aunque actualmente estas últimas se encuentran en territorio portugués.

[57]​ Y según consta en la Crónica de Alfonso X, poco después el rey Alfonso X prometió a su hijo Pedro entregarle el reino de Murcia si abandonaba al infante Sancho, con el título de rey y las insignias reales, y dicha proposición hizo dudar al infante entre si seguir apoyando a su hermano mayor o volver a someterse a la autoridad de su padre.

[58]​ Y cuando el infante Sancho, que se encontraba en Alcántara, fue informado de dicho proyecto, se dirigió rápidamente a Ledesma, donde se encontraba su hermano Pedro y, al tiempo que le reprochaba sus intenciones le ofreció el cargo y las rentas derivadas de la cancillería mayor junto con la villa de Tordesillas, que era lo que el infante Pedro le había solicitado, si permanecía fiel a él,[58]​ aunque el historiador Gervasio Velo y Nieto señaló que el infante Sancho le prometió que le entregaría todo eso cuando subiera al trono.

[67]​Y en el testamento que Alfonso X otorgó en Sevilla el día 8 de noviembre de 1282, desheredó al infante Pedro y a sus hermanos Juan y Jaime, e hizo responsable a su hijo Sancho de haber involucrado en la rebelión contra él a dichos infantes, «faziéndoles entender falsedades».

[81]​ Y numerosos autores destacan que fue el primer miembro de la familia real castellana en ser enterrado allí, ya que tenía derecho a serlo por ser sus padres los fundadores del convento y los patronos de su capilla mayor en esos momentos.

[37]​ Pero a pesar de ello se desconoce, como señaló el historiador Francisco Javier Rojo Alique, si el infante Pedro solicitó ser enterrado en dicho convento en su testamento, o si fue su madre, la reina Violante de Aragón, la que decidió darle sepultura allí.

[79]​ El infante Enrique fue sepultado en un primer momento según algunos autores en medio de la iglesia,[84]​ aunque otros afirman que fray Matías de Sobremonte señaló que sus restos fueron colocados en la misma tumba que los del infante Pedro, que según él reposaban en un arco del lado del Evangelio de la capilla mayor:[85]​ Sin embargo, Ambrosio de Morales afirmó en 1572 que los restos del infante Pedro fueron trasladados posteriormente a la capilla de los Leones del mismo convento vallisoletano,[84]​ donde yacían en una «urna alta» que estaba adornada con las estatuas yacentes del infante y de su esposa, Margarita de Narbona,[81]​[83]​ siendo esta afirmación corroborada solamente en otro manuscrito donde se afirma que los infantes Pedro y Enrique yacían enterrados junto a sus esposas.