Junto con Alonso Berruguete, Juni formó la gran escuela de la escultura castellana, con una gran y extensa obra realizada mayormente en los más de treinta años que permaneció en Valladolid.

Antes había pasado por Salamanca para ejecutar el sepulcro del arcediano Gutierre de Castro (existente en la Catedral Vieja).

[8]​ Contrajo matrimonio por primera vez con Catalina de Montoya con quien tuvo una hija, María, a la que declaró heredera en su testamento del año 1540.

Una tercera vez contrajo matrimonio Juni, con María de Mendoza, con la que tuvo el artista varios hijos, y a la que menciona en 1561, como fiadora en la conclusión del retablo de La Antigua.

De Roma, y por la visión del Laocoonte y sus hijos, la obra de la Antigüedad, más admirada por entonces, trajo la línea "serpentiforme" tan empleada por los manieristas; en la capilla de los Benavente, el cuerpo del demonio se resuelve como una gran serpiente, así como, en el San Juan Bautista del Museo Nacional de Escultura, todo su cuerpo está en un movimiento de torsión, la boca entreabierta y el pecho tenso por la emoción; es donde se puede apreciar más el parecido con el sacerdote Laocoonte.

Junto con Alonso Berruguete se le considera fundador de la escuela escultórica de Valladolid, que se extiende a lo largo del siglo XVI con estos y otros escultores, del siglo XVII, con Gregorio Fernández a la cabeza, y del siglo XVIII con Luis Salvador Carmona.

En esa década se encuentran en la ciudad, varios escultores franceses entre ellos Juni.

Otro relieve, el del Nacimiento de Cristo, se halla en el interior del claustro con un estilo lleno de elementos clásicos, y la obra más importante en madera fue la realizada en la sillería también para san Marcos junto con Guillén Doncel,[13]​ (se atribuye a Juni la sillería alta.

[15]​ Al lado contrario el grupo de San Sebastián; se encuentra el santo en medio de un soldado romano y un judío en una composición completamente simétrica.

El arcosolio es profundo y formado por arco de medio punto.

[18]​ La iconografía del crucificado es una temática de la que hizo una extensa serie.

Demuestra un clasicismo en la traza y un concepto escultórico mucho más reposado, de un Juni ya en plena madurez.

El grupo del Entierro en un gran altorrelieve está colocado dentro de un cuadrado central, a cuyos lados se encuentran dos intercolumnios corintios donde se hallan dos personajes con vestimenta militar y esculpidos de pleno bulto.

Palomino lo describe: En el grupo del Entierro, la Virgen ocupa el espacio central y avanza hacia delante, descansando un brazo de Cristo sobre la rodilla; ambos brazos los tiene abiertos en señal de dolor.

Cristo en primer término está colocado casi horizontalmente y se cubre con un pequeño paño, pudiéndose apreciar la magnífica anatomía de su cuerpo.

A pesar de lo dramático del tema las líneas empleadas son curvas y dulces; toda la escena está colocada sobre el fondo pintado que representa la ciudad de Jerusalén.