[3] En 2002, se inauguraron las instalaciones de la Ciudad Deportiva José Manuel Llaneza, lugar donde entrena el primer equipo y las categorías inferiores.[5] El Villarreal comenzó con una equipación de camisetas blancas y pantalones negros, lo que se refleja en su primer escudo.Durante los 25 años posteriores el equipo se mantiene siempre en categoría nacional (excepto la campaña 1976-77), consiguiendo ascender a 2.ª B en la temporada 1986-87.Tras un breve paso por Tercera en 1990-91, el equipo cosecha dos ascensos consecutivos que le permiten –20 años después– retornar a la Segunda División del fútbol español.Durante cinco campañas continuadas, el Villarreal C. F. cosechó clasificaciones medio-bajas en la tabla de Segunda División, hasta que en la temporada 1997-98 acaba cuarto y se clasificó para la promoción de ascenso a Primera División: en la eliminatoria jugó contra la S. D. Compostela, donde empató los dos partidos (0-0 en la ida disputada en El Madrigal y 1-1 en la vuelta como visitante) y, por el criterio de desempate por goles en campo contrario, el Villarreal C. F. subió a Primera División por primera vez en su historia.[10] En las cuatro temporadas siguientes al último ascenso, el equipo combinó diversas posiciones en torno a la mitad de la tabla.En abril de 2004, el Villarreal ficha al entrenador chileno Manuel Pellegrini, procedente del River Plate argentino.[15] Sin embargo, en la competición doméstica, el club acaba séptimo del campeonato, por lo que solo consigue clasificarse para la Copa Intertoto.Otro hecho importante en la Liga 2006-07 fue que el Villarreal logró, tras 8 temporadas, derrotar al único grande de España que se le resistía: en la jornada 20, venció en El Madrigal por 1-0 al Real Madrid con el gol de Marcos García, tras asistencia del jugador chileno Matías Fernández.[18] Durante estos tres años, el club pasa de competir en Champions hasta finalmente descender a Segunda División.La temporada comenzó bien, pero la primera vuelta acaba siendo irregular, por lo que el club destituye al entrenador cuando el equipo marcha en séptimo lugar de la clasificación.En la décima jornada llegaría otra derrota, esta vez frente al Valencia C. F. por (1-3), con una sensacional actuación de Mustafi que hizo un doblete.El Villarreal fue elegido además por la LFP como el mejor club del mes de diciembre, en el que el equipo contó todos sus partidos por victorias.Se lesionaron jugadores como Bruno Soriano, Denís Chéryshev, Luciano Vietto, Mateo Musacchio o Sergio Asenjo.Después, encadenó cinco victorias consecutivas, la última frente al Atlético de Madrid en El Madrigal (1-0, para colocarse líder del campeonato por primera vez en su historia.En Liga, los amarillos encadenaron tres partidos sin ganar, ante U. D. Las Palmas (0-1), Sevilla F. C. (4-2) y F. C. Barcelona (2-2), hasta que vencieron a la S. D. Eibar en Ipurúa (1-2).Los castellonenses vencieron con sufrimiento al Sparta de Praga (2-1) en El Madrigal, pese a que, en principio, podía parecer un rival asequible.En el campeonato doméstico, la victoria ante el Getafe en El Madrigal (2-0) fue un espejismo, pues después perdería ante Rayo Vallecano (2-1) y Real Madrid (3-0).Los amarillos perdieron 2-0 y la polémica envolvió a Marcelino García Toral, entrenador del Villarreal, tras sus declaraciones durante la semana previa al encuentro.[33] Tras tres victorias consecutivas, el equipo subió hasta la sexta posición y ya no abandonaría en toda la campaña las plazas de acceso a la Liga Europa.Tras quince jornadas y solo tres victorias tenía los mismos puntos que el Athletic Club en plaza de descenso.Gerónimo Rulli se convirtió en el héroe, al marcar su lanzamiento y parar el decisivo penalti a David de Gea.En la vuelta en el Allianz Arena, el equipo alemán anota un tanto poniendo las tablas en el marcador global, pero el Villarreal consigue superar al Bayern marcando en el minuto 88', colocando el marcador global en 1-2 a favor del submarino amarillo y colándose en las semifinales de la Champions por segunda vez en su historia.Una semana después, el 3 de mayo, reciben en casa a los reds en la vuelta de las semifinales, el submarino amarillo sorprendió al irse al entretiempo habiendo igualado la serie por 2-0, sin embargo en el complemento no logró mantener el mismo ritmo que demostró en el primer tiempo y el conjunto inglés en 10 minutos remontó el partido y ganó 2-3, dejando al Villarreal en semifinales coronando una gran actuación en la Champions League igualando lo conseguido en su primera participación.En sus inicios el Villarreal mantuvo una rivalidad con el Club Deportivo Burriana, ya que además de ser ciudades vecinas, solían jugar en la misma categoría.Para la Eurocopa 2008, el Villarreal contribuyó con tres jugadores del equipo de España, que ganó el torneo: a Marcos Senna se unió el extremo Santi Cazorla y el zaguero Joan Capdevila.El otro jugador del Villarreal en dicha competición fue Nihat Kahveci, delantero de Turquía, que logró llegar a las semifinales.En el Mundial 2014, los únicos jugadores del Villarreal que representaron a su selección nacional fueron los mexicanos Giovani dos Santos y Javier Aquino.[57] En el Mundial 2018, el Villarreal contó con cuatro jugadores: Denis Cheryshev (Rusia), Antonio Rukavina (Serbia), Carlos Bacca (Colombia) y Salem Al-Dawsari (Arabia Saudita).[58] Otro jugador del club que participó en este torneo fue el senegalés Alfred N'Diaye, quien ese año jugó cedido con el Wolverhampton.
Benito Floro
, entrenador del Villarreal entre 2002 y 2004.
