Fue durante cinco temporadas entrenador del El Puig CF, donde disputó dos promociones de ascenso y se proclamó subcampeón en Regional Preferente.
En 2008 le tocó hacerse cargo nuevamente del filial,[2] tras la rescisión del contrato de Juan Carlos Oliva, y consiguió la permanencia en el primer año en Segunda B.
Posteriormente, Juan Carlos Garrido lideró el histórico ascenso del Villarreal B a la Segunda División, donde se convirtió en el equipo revelación de la temporada.
[5] Una semana más tarde, el 13 de febrero, logró su primera victoria ganado 2-1 al Athletic Club.
[6] Finalmente, el equipo castellonense acabó la Liga en séptima posición, lo que le daba derecho a jugar la UEFA Europa League.
[8] En la temporada 2010-11, logró llevar al Villarreal hasta la cuarta posición en Liga y las semifinales de la Europa League en una gran temporada para el equipo amarillo.
[11] Tres meses después de su fichaje, el técnico valenciano prolongó su contrato con la entidad belga.
[12] En la temporada 2012-13, acabó la Jupiler League en tercera posición después de haber cogido al equipo en la octava plaza y peleó por el título hasta la penúltima jornada del "play-off", en el que hizo el récord de puntos del Club Brujas.
En su primera temporada, consigue acabar con una sequía de 4 años del club, logrando la victoria en la Copa del Trono tras vencer en la final al Difaa El Jadida por 3-1 en los penaltis, tras acabar el tiempo reglamentario con empate a 1.