En 1990 el club sufrió una gran reestructuración con la llegada del expropietario, José María Caneda, y el fichaje de un nuevo entrenador, Fernando Castro Santos.

En la 1989-90 regresa a la Segunda División B y tan solo una temporada después, la 1990-91, logró su ascenso a la Segunda División tras quedar tercero en la fase regular y quedar primero en el grupo de ascenso, superando a otros rivales de grupo como el Alcoyano, el Club Deportivo Badajoz y el Alavés.

Ese mismo año el equipo firma su mejor temporada, llegando a ser subcampeón de invierno solo por detrás del Atlético al término de la primera vuelta, y terminando décimo en la que sería su mejor temporada.

El equipo se mantuvo tres temporadas más, hasta que terminó en una mala posición en la temporada 1997-98 y descendió a Segunda tras perder en la promoción contra el Villarreal por el valor de los goles fuera de casa (0-0 en El Madrigal y 1-1 en San Lázaro).

Sin embargo, el club quedó octavo y las deudas empezaron a hacerse patentes.

Las siguientes temporadas el equipo tendría complicaciones en la tabla y terminó descendiendo a Segunda B.

En esa división se volvió a cometer el mismo error de mantener a la plantilla del año pasado con los mismos sueldos, y las deudas del equipo crecieron hasta el punto de tener complicaciones en los pagos.

El equipo, dirigido por Luis Ángel Duque, terminó noveno a pesar de que los jugadores estuvieron toda la temporada sin cobrar.

El propietario Caneda no pagó y el equipo descendió a Segunda B en favor del CD Leganés.