La Copa Intertoto de la UEFA 2003 fue organizada por la UEFA y se disputó en los meses de verano del hemisferio norte de 2003.

Se disputaron tres finales distintas con tres campeones: Perugia de Italia, Villarreal de España y Schalke 04 de Alemania.

Los tres campeones obtuvieron una plaza para disputar la Copa de la UEFA 2003-04, en la que el Villarreal alcanzó las semifinales, el Perugia los Octavos de final y el Schalke 04 los Treintaidosavos de final.