Tuvo un paso destacado por el Villarreal español, donde jugó un total de siete años y fue parte del equipo histórico que lograría llegar a las semifinales de la Champions League 2006.

Su trayectoria como entrenador comenzó en Tigre, que se encontraba muy comprometido con el descenso y al cual el Vasco logró salvar de esa situación.

En el xeneize logró salir campeón del Campeonato 2015 y de la Copa Argentina 2015.

Tras su paso por Boca Juniors se desempeñaría en equipos de los Emiratos Árabes como el Al Wasl y en Catar, en este último obtendría la supercopa de dicho país con Al-Rayyan.

[2]​ Arruabarrena realizó las divisiones juveniles en Boca y conquistó tres títulos.

Posteriormente, fue cedido a Rosario Central en 1996 donde se desempeñó como titular en la banda izquierda en el Torneo Apertura y la Copa Conmebol de ese mismo año.

Para afrontar el Torneo Inicial 2012, Arruabarrena sufrió la partida de varios jugadores, entre ellos sus principales figuras, Cachete Morales y Román Martínez.

El 29 de abril, el Al-Ahli del Vasco vencería 2-1 al Al Dhafra con un doblete de Ahmed Khalil y se consagró campeón en la Presidents Cup 2019, ganando el quinto título en su carrera como entrenador.

Su equipo, líder del certamen, le ganaba 2-0 como local al Al-Nasr, que se recuperó y lo empató, en tiempo de descuento, con un tanto del español Álvaro Negredo (marcó un doblete ese día).

Ofuscados por la igualdad, decidieron cesarlo en un cargo que tenía desde 2018, cuando llegó proveniente del Al-Rayyan de Catar.

El equipo fue dirigido anteriormente por otros argentinos como Ricardo La Volpe o Ramón Díaz.

A nivel juvenil participó en la Copa Mundial de Fútbol Sub-17 de 1991 con sede en Italia, equipo dirigido por Reinaldo Merlo donde el joven Arruabarrena sería titular en los 6 partidos alcanzando en tercer puesto.

Posteriormente ganaría la medalla dorada en los Juegos Panamericanos de 1995, equipo sub-22 dirigido por el aquel entonces director técnico, Daniel Passarella.

[34]​ Fue convocado por Daniel Passarella para disputar la Copa Confederaciones 1995 en Arabia Saudita, el vasco fue suplente en los tres partidos de la competencia y el seleccionado argentino logró el subcampeonato.