[8] Mientras Ospina salió para Santander con cuatro mil soldados al mando del general Pedro Alcántara Herrán, quien había dejado su cargo diplomático en Washington para defender su gobierno, pero el presidente lo sustituye por Julio Arboleda, por tener este vínculo familiar con el líder rebelde.[8] El gobernador del Estado Federal de Antioquia, Rafael María Giraldo organizó la tercera división del Ejército de la Confederación ordenada por el gobierno central para hacerle frente a Mosquera, nombrando como jefe al general Braulio Henao y a Posada Gutiérrez como comandante general.[8] Al día siguiente celebró un convenio llamado "la esponsión de Manizales", por el cual se comprometía a retirarse al Cauca, desarmar su ejército y entregar sus armas, mediante ciertas garantías que debería otorgarle el gobierno de la Confederación como amnistía general a los rebeldes y el anulamiento del decreto de desmembración del Estado del Cauca, sin embargo, tanto el presidente Ospina Rodríguez no aprobó expresamente ese arreglo (porque contaba con un ejército bien armado y disciplinado de 6.000 hombres) como el jefe revolucionario aprovechó la tregua para continuar mejorar su posición y preparase para atacar la capital.Acampan en Serrezuela y ubican tropas en Cuatro Esquinas para bloquear a Bogotá por el suroccidente, otras se dirigen a Torca, norte de Bogotá y desde allí envían tropas al Puente del Común quedando sitiada la capital.[8] Las tropas del gobierno al mando del general Ramón Espina se instalan en el norte de Bogotá en el sitio conocido como El Papayo, hoy La Cita, retroceden a Usaquén y como consideraban que podían ser atacadas desde La Calera se movieron hacia la hacienda El Chicó.En la hacienda Santa Ana situada entre los dos campamentos, los gobiernistas al mando del coronel Escallón tienden una emboscada a las tropas de Mosquera causándole más de cincuenta bajas entre muertos, heridos y presos Desde El Chicó sale Espina a atacar a Mosquera que se encontraba acampando en la hacienda Santa Bárbara, pero es derrotado por las tropas conjuntas de este y Santos Acosta causándole más de doscientos muertos.Un día después de la toma de Bogotá, hizo fusilar a Plácido Morales, Andrés Aguilar y Ambrosio Hernández, tomó prisioneros además del presidente y su hermano Pastor, a Bartolomé Calvo.[8] La guerra continuó en varios estados del país: en el sur del Tolima las guerrillas comandadas por Pedro Rivera y en el norte la guerrilla de Los Juanchos comandados por Juan Nepomuceno Lozano no daban tregua al gobierno liberal.Desde Guasca las guerrillas conservadoras se trasladaban continuamente a hostigar a Bogotá, en Santander las tropas del presidente de ese estado, general Leonardo Canal, seguían alzadas en armas, lo mismo sucedía en Antioquia con Braulio Henao, y en el Cauca con Julio Arboleda.Juan José Nieto, presidente de Bolívar, envía tropas a Antioquia derrotando a las fuerzas conservadoras en Santo Domingo por lo que el general Henao sale precipitadamente de Cartago y lo derrota.[8] Sale luego para la frontera con Ecuador, y en Tulcán, con el apoyo del líder conservador payanés Miguel Arroyo Hurtado y del Coronel pastuso José Francisco Zarama, derrota a las fuerzas del nuevo presidente Gabriel García Moreno, quién pedía una explicación por la invasión de las tropas de Arboleda durante la persecución de liberales refugiados en Ecuador.[8] El 18 de septiembre tiene lugar en Cartago, en el sitio conocido como Santa Bárbara,[11] la batalla más importante de esta guerra donde se enfrentaron las tropas conservadoras antioqueñas al mando del gobernador general Rafael María Giraldo contra las liberales del general Santos Gutiérrez.En esos momentos Mosquera se hallaba en la planicie de Chupadero y Maldonado aconsejó a Flores atacar al enemigo en retirada con la caballería, lo que fue rechazado por este último.[13] El ejército colombiano entonces optó por moverse continuamente evitando presentar batalla hasta haberse reagrupado completamente tras su derrota entrando finalmente en territorio enemigo.[13] Mosquera finalmente se atrincheró en Cuaspud el 3 de diciembre, donde derrotó las tropas ecuatorianas en una decisiva batalla tres días después[13] y obligó a Flórez a firmar un tratado de paz en la hacienda Pinzaquí, situada en territorio ecuatoriano.El tratado lo firman el general Flórez por el Ecuador y por Colombia el secretario de relaciones exteriores Antonio González Carazo.[8] Murillo Toro es reemplazado por el designado José María Rojas Garrido, ya que el titular Tomás Cipriano de Mosquera se encontraba en Europa.
