Para comienzos del siglo XVII ya estaba abierto al culto el primer templo de dicha comunidad en la ciudad, que sería una sencilla edificación de la cual se conservan algunos vestigios incorporados a la nave transversal ubicada al extremo sur del templo actual.
Por lo cual, se ordenó la exclaustración de los Agustinos, y tanto el templo como el convento pasaron a manos del gobierno colombiano, además este último fue convertido en cuartel militar.
La restauración sistemática empezada en 1980 y finalizada en 1986, fue ejecutada bajo la dirección administrativa del R.P.
La restauración de pintura y decoración mural fue realizada bajo la dirección del experto Rodolfo Vallín.
La iglesia cuenta con una planta basilical de tres naves longitudinales (la principal o central y dos laterales).
Las fachadas eran originalmente blancas, pero se le quitó el pañete,[2] dejando la piedra y el ladrillo a la vista, tal vez buscando resaltar sus características coloniales, pero dicha acción ha suscitado críticas, pues al estar al descubierto causa erosión, generando graves perjuicios para su conservación.
[3] La decoración espacial del templo incluye el único artesonado en bóveda elíptica existente en la Nueva Granada, sobre sus tres naves.
En el interior se emprendió la recuperación de los rasgos espaciales y decorativos más auténticamente originales del templo.