Fue el primer y, hasta la fecha, único presidente afrodescendiente de Colombia.
[5][6][7] Su mandato se caracterizó por estar en medio de una guerra civil y por no haber sido elegido democráticamente.
[8] Fue amigo del general Francisco de Paula Santander e intercambió con él una nutrida correspondencia.
Al mismo le explicaría en una carta que se consideraba «federalista por opinión informada y no por caprichos del corazón, porque él aspiraba a una forma de gobierno que le abriera espacios y posibilidades eficaces al desarrollo de nuestra provincia».
Desde 1835, recién formada la república, Nieto ya tenía una visión amplia del país».
Inicialmente fue condenado a morir fusilado pero finalmente Mosquera conmutaría la pena.
[8] El Congreso de la República aprobó en 1847 una ley de amnistía, gracias a la cual Juan José Nieto pudo regresar a Cartagena, en donde funda el semanario La Democracia.
Bajo su mandato se inauguró en Cartagena la primera escuela primaria oficial de niñas y promovió la reconstrucción del Canal del Dique, el cual se encontraba en serio deterioro.
La constitución extendió el derecho al sufragio a todos los ciudadanos, impuso el voto popular directo y la federalización municipal, al tiempo que se entronizó la elección popular de los gobernadores.
Después de adoptar la presidencia mientras el general Mosquera se encontraba ausente, asumió la gobernación de Bolívar por varios períodos hasta que fue obligado a renunciar por las tropas insurrectas encabezadas por el general Antonio González Carazo.
[8] Su primera novela, Ingermina o la hija de Calamar, fue escrita durante su exilio en Jamaica y fue publicada en una imprenta del mismo país en 1844.
Poco tiempo después se le concedió una amnistía con la cual pudo regresar a Cartagena.