La historia del canal del Dique está íntimamente relacionada con la del río Magdalena y se remonta al siglo XVI, época desde la cual Cartagena se interesó en buscar una vía de comunicación fluvial con el río Magdalena que conectara un conjunto de ciénagas de desborde del río, de esta manera no sería necesario utilizar la vía terrestre que en época invernal era intransitable.
La obra, originalmente, no se podía considerar como un canal puesto que unía las ciénagas con el río y su navegación dependía del nivel de las crecientes.
Posteriormente, en 1575 Martín Polo abrió otra vía acuática-terrestre desde el morro de Juan Gómez hasta las orillas del Magdalena, con la obligación de construir en una de las ciénagas una barca grande en que pudieran entrar recuas cargadas, para evitar el daño que el trasbordo ocasionaba a las mercaderías.
Con algunas pequeñas mejoras estas vías fueron utilizadas por espacio de casi un siglo.
Además, se le informó que Soriano tenía un proyecto para unir las aguas del Caño Calvara con el río Magdalena, pero que por su alto costo y la situación crítica de la ciudad la obra no se había construido.
La travesía normal en champanes y canoas duraba tres o cuatro días.
En vista de que no se iniciaron los trabajos del canal, en 1828 el presidente de Colombia, Simón Bolívar, solicitó a la municipalidad su apertura y tampoco fue posible.
Se hicieron compuertas en varios sitios y se abrió una nueva boca del Dique en un punto cercano a la población de Calamar, que había sido fundada en 1848.
En 1953 se levantaron los rieles del ferrocarril de Calamar, sin ruido ni protestas.
Army Corps of Engineers entidad que había terminado el canal de Panamá.
Entre 1950 y 1952 en el gobierno de Laureano Gómez se contrató con la Standard Dredging Co.
Ya para 1960 el caño del Estero se había sedimentado por completo lo que llevó a que en 1961 se construyera el caño de Lequerica con una longitud inicial de 200 metros.
En 1956 se construyó la refinería de Cartagena, lo cual llevó a un creciente tráfico de hidrocarburos que se transporta en remolcadores impulsados por hélices, haciendo indispensable el mantenimiento permanente del Canal.
Con los últimos cortes se incrementó el caudal del río Magdalena que se vierte a través del canal sobre la bahía de Cartagena, causando problemas ecológicos.
De la última rectificación (1980-1984) que se le hizo, según José Vicente Mogollón, la obra quedó inconclusa, y en cierto modo imperfecta, por inconvenientes económicos que sufrió la empresa constructora.