Situado en la Isla Tierra Bomba, controlaba la entrada al canal de Bocachica.

Su construcción se empieza en 1646 por el ingeniero Juan de Somovilla y su nombre se debe al gobernador Luis Fernández de Córdoba.

[1]​ El castillo ayudó a la defensa de Cartagena y fue tomado por fuerzas francesas en 1697 e inglesas en 1741.

Durante la guerra de la Liga de Augsburgo, las fuerzas francesas y piratas del Barón de Pointis y del filibustero Ducasse atacaron Cartagena en 1697 y tomaron el fuerte de San Luis defendido por 139 hombres[2]​[3]​ bajo el mando de Sancho Jimeno, tras un sitio de dos días.

[4]​ Durante la Guerra del Asiento se produjo el sitio de Cartagena de Indias, en el cual las tropas inglesas atacaron las posiciones españolas.