En estas instancias finales fue derrotado por Roger Federer, considerado por muchos el mejor jugador de la historia del tenis.
En dobles ganó tres títulos, en Valencia 2004, Basilea 2005 y la medalla de oro en Atenas 2004, sumado a una final en Amersfoort.
[14] También derrotó al menos en una oportunidad a otras leyendas Top 5 del tenis como Michael Chang, Magnus Norman, Àlex Corretja, Tommy Haas, Guillermo Coria, David Nalbandian, Ivan Ljubičić, Greg Rusedski, Richard Krajicek, Sebastián Grosjean, Tim Henman, James Blake, David Ferrer, Juan Martín Del Potro, Jo-Wilfried Tsonga, Robin Söderling, Jiří Novák, Rainer Schüttler, Tomáš Berdych, Tommy Robredo, Stanislas Wawrinka, Miloš Raonić, Marin Čilić y Kevin Anderson.
En el plano sentimental, González tuvo como parejas a Millaray Viera,[15] Daniela Castillo[16] y la extenista Gisella Dulko.
Posteriormente, y después haber estado en el Rancho de Hans Gildemeister, viaja con su familia a Miami, donde prosigue con su carrera tenística.
A los 16 regresa a Chile para jugar como juvenil, donde al llegar y durante los entrenamientos, mostró su gran capacidad con la derecha, que ya venía haciéndose famosa en Torneos juniors, y su gran velocidad, al que viene el apodo de "Speedy González", la caricatura del veloz ratón mexicano.
En el Abierto de Australia logró una gran actuación a llegar a octavos de final tras nuevamente superar la fase de clasificación, venció sucesivamente a Sargis Sargsian, Tommy Robredo y Alex Kim en sets corridos, allí se enfrentó con el austríaco Stefan Koubek perdiendo en cuatro mangas por 7-5, 6-1, 6-7(3) y 6-2, este buen torneo le permitió subir varios escalafones en el ranking subiendo del 140 del mundo al casillero 89.
En cuartos derrotó a Andrei Pavel en sets corridos y en semifinales perdió con el argentino Guillermo Coria por un score de 6-4, 6-7(6), 1-6.
En segunda ronda se toparon con los sextos cabezas de serie los argentinos Gastón Etlis y Martín Rodríguez, batiéndolos por 6-3, 7-6 (2).
En semifinales jugó con el estadounidense Mardy Fish (22.º) el día viernes 20 de agosto, obtuvo fácilmente el primer set por 6-3, sin embargo, se esguinzó el tobillo en el segundo juego del segundo set, lo que impidió que pudiera seguir jugando normalmente y a pesar de luchar durante todo el encuentro González cayó por 6-3, 3-6, 4-6.
[35] Fernando logró terminar el año nuevamente como parte de la élite del tenis mundial con un ranking N.º 23, y un prometedor futuro.
[36] Luego disputó el Abierto de Australia llegando hasta la tercera ronda donde cayó en cuatro mangas ante David Nalbandian.
[39] Continuando con su buen rendimiento ganaría pocas semanas después el Torneo de Amersfoort ante el argentino Agustín Calleri por 7-5 y 6-3.
[58][59] En semifinales venció al checo Tomáš Berdych por un claro 6-3, 6-1 para acceder a su primera final de ATP Masters Series, allí perdió con el n.º 1 del mundo Roger Federer por 5-7, 1-6 y 0-6,[60] aunque igual le valió para ascender al séptimo puesto del ranking mundial.
En semifinales venció al local Stan Wawrinka por doble 6-4 para disputar su 3.ª final en 3 torneos de manera consecutiva.
En segunda ronda se enfrentó con la promesa argentina Juan Martín del Potro ganando en un dificultoso partido por 7-6(7), 4-6, 6-7(3), 6-4, 4-0 y retiro.
[65] Allí derrotó de manera aplastante al n.º 2 del mundo Rafael Nadal por triple 6-2 para acceder a las primeras semifinales de Grand Slam en su carrera,[66] allí realizó otro partido perfecto contra el n.º 12 del mundo Tommy Haas al que aplastó por 6-1, 6-3 y 6-1 partido que fue el mejor de su carrera en palabras del propio González,[67] con 42 tiros ganadores, 3 errores no forzados, y derrotando en sólo 91 minutos al ex 2 del mundo, así accedió a su única final de Grand Slam (cuarto chileno y tercer hombre en hacerlo) encajando tres triunfos seguidos sin ceder sets ante tres jugadores Top 15.
[72] Al día siguiente jugó un partido clave en dobles con Nicolás Massú y lograron vencer a la dupla rusa Safin/Andréiev en sets corridos.
Quedó situado en el Grupo Rojo con el suizo Roger Federer, el ruso Nikolái Davydenko y el estadounidense Andy Roddick.
Luego el sábado junto a Nicolás Massú cerró la serie por 3-0 al vencer a la dupla canadiense Daniel Nestor/Frédéric Niemeyer en cinco mangas y viniendo de un 0-2 abajo en sets, finalmente Chile ganó la serie 3-2 y aseguró jugar el repechaje al Grupo Mundial en septiembre.
[85] Apenas sin descaso, disputó el Masters de Roma, en 1° ronda doblegó al serbio Janko Tipsarević en un duro encuentro por 3-6, 7-6(0) y 7-6(6).
Allí venció en un emocionante partido al estadounidense N.º 7 del ranking ATP, James Blake, por un score de 4-6, 7-5 y 11-9 en el tercer set.
Debutó en 2.ª ronda al ser 17° cabeza de serie, derrotando por segunda vez en la temporada a Lleyton Hewitt por 4-6, 6-2, 6-3.
Sin embargo, la semifinal le permite regresar al Top 10, que había dejado en octubre de 2008, quedando ubicado justamente en el puesto 10.
Había anunciado su vuelta para los Masters 1000 de Toronto y Cincinnati, sin embargo, una nueva lesión le impidió participar.
[144][145] Luego, en el Challenger de Praga logró una asombrosa actuación, alcanzando las semifinales del torneo y retirándose en aquella instancia por dolores musculares.
[146] A la semana siguiente aparece 81 casilleros más arriba en el ranking ATP convirtiéndose en el nuevo 374° del escalafón mundial.
[151] Debutó en el último Grand Slam del año, el US Open en el primer día de competencia perdiendo en un parejo partido en primera ronda ante el croata Ivo Karlović por 6-4, 6-4 y 7-6(3).
[167][168] En marzo de 2013 dio a conocer que oficialmente comenzará una carrera como entrenador, teniendo como primer pupilo al joven chileno Matías Sborowitz.
Era un jugador ofensivo que presentaba desarrollo muscular y se movía con mucha soltura en todo tipo de superficies.