En la actualidad reside en Tampa, Florida, donde entrena en la Academia Saddlebrook junto a otros profesionales del tenis americano como James Blake y Mardy Fish.

Durante toda su carrera universitaria Isner se convertiría en el jugador con más victorias tanto en individuales, como en dobles.

En el Torneo de Washington, el tenista chileno Fernando González se borraría del torneo y con ello, dejaría libre un Wild Card, que fue entregado a último momento a Isner, quien consiguió sus primeros triunfos sobre jugadores top-100.

Venció a Tim Henman (N°73), Benjamin Becker (N°47), Wayne Odesnik (N°189), Tommy Haas (N°12) y Gaël Monfils (N°54), para alcanzar la final, donde caería por 6-4, 7-6 ante Andy Roddick.

A pesar de servir 39 aces contra su oponente eslovaco Dominik Hrbaty sería derrotado en cuatro sets en primera ronda.

Gana en primera ronda y pierde en segunda ante el 11° cabeza de serie, David Ferrer.

Después recibió una invitación para participar en el Masters de Cincinnati, donde derrotaría a Tommy Haas por 7–6(5), 5–7, 7–6(3), en la primera ronda, pero caería ante Jeremy Chardy.

Ya en la final tomaría ventaja pero no podría sostenerla para caer ante el también local Mardy Fish por 6-4, 4-6 y 7-6(4).

La siguiente misión es el Legg Mason Tennis Classic, en primera ronda derrotaría en su especialidad, es decir en un doble tie-break a Thiemo de Bakker por 7-6(6) y 7-6(8).

y Tobias Kamke sin perder un solo set, para llegar a su primera final de carrera sobre césped.

En la Copa Rogers, Isner derrotó a Marcos Baghdatis y perdió ante Viktor Troicki en la segunda ronda.

En el Abierto de Estados Unidos, Isner derrotó a Marcos Baghdatis, Robby Ginepri, Alex Bogomolov Jr.

[16]​ En cuartos vence al 13° preclasificado, Gilles Simon por 6-3, 1-6, 7-5 apareciendo por segunda vez en su carrera entre los cuatro mejores de un Masters 1000.

[18]​ En su primera final en un torneo Masters 1000, el americano enfrenta nuevamente a Roger Federer pero esta vez pierde por 7-6(7), 6-3.

[33]​ En la final, ante Tomáš Berdych —N.º 7 del mundo y segundo favorito al torneo—, Isner revalidó su título venciéndolo por 3-6, 6-4, 7-6(9).

[34]​ uorfeu wbi wabo El n.º 1 de Estados Unidos y número 14 del mundo terminó Top 20 por cuarto año consecutivo.

Ganó la final más alta de la historia del tenis ATP, superando a Kevin Anderson en Atlanta en tres tie-breaks.

Ganó su primer título en tierra batida en el Torneo de Houston (venciendo a Nicolás Almagro).

En semifinales derrotó al español Roberto Bautista por parciales de 3-6, 7-6(2) y 6-4, colándose en su primera final del año.

En su reaparición, llegó a semifinales en Delray Beach por tercer año seguido (perdiendo ante el posterior campeón Marin Čilić).

Se retiró de segunda ronda del ATP World Tour Masters 1000 Madrid en dobles (con Tomáš Berdych) por una lesión a la espalda.

En primera ronda de Wimbledon 1973, Björn Borg venció a Premjit Lall 20-18 en la muerte súbita del tercer set.

Llegó a tercera ronda del ATP World Tour Masters 1000 de Shanghái (perdiendo ante Feliciano López).

En el US Open 2015, Isner avanzó a la cuarta ronda, perdiendo ante Federer en sets corridos, pero no obstante marcó su mejor resultado de Grand Slam del año.

[37]​ En el Masters de Indian Wells alcanzó la cuarta ronda por tercer año consecutivo tras vencer a Andreas Seppi y Adrian Mannarino en dos sets, antes de enfrentarse al número 6 del mundo Kei Nishikori contra quien ganó el primer set fácilmente por 6-1 y perder los dos siguientes en desempates.

Después en el Masters de Miami se fue en la segunda ronda contra Tim Smyczek cayendo por 6-2, 2-6 y 7-6.

Comienza la gira de tierra batida europea en Houston donde llega a semifinales perdiendo contra Jack Sock por 7-6(4) y 6-3.

En la final, perdió ante el recién coronado número 1 mundial Andy Murray en tres sets por 3-6, 7-6(4) y 4-6 en dos horas 17 minutos en un buen partido del estadounidense, dejándolo sin título en individuales por primera vez desde 2009.

[53]​ En la gira de césped decepciona en Queen's (primera ronda) y solo llega a segunda ronda a Wimbledon tras caer ante Dudi Sela en 5 sets, pero para la semana siguiente se corona campeón en el último torneo sobre hierba en Newport venciendo en la final al jugador proveniente de la clasificación Matthew Ebden por 6-3 y 7-64,[54]​ ganando su 11° título y el primero desde Atlanta 2015, en dicho torneo como curiosidad no se enfrentó a ningún Top 100.

El primero es Wimbledon 2010 cuando Isner derrotó a Nicolás Mahut en 11 horas y 5 minutos en un partido de tres días.