Toda esta primera etapa en su carrera se vio marcada por un llamativo problema a la hora de cerrar los partidos, perdiendo muchas veces encuentros que tenía casi ganados.

En el 2000 se vio afectado por una lesión y descendió hasta el puesto 231 del ranking mundial.

Finalizó la temporada en el puesto número 11 del ranking mundial y fue suplente de la Tennis Masters Cup.

En su regreso se impuso en los challengers de Belem, Montevideo, Buenos Aires y Asunción.

Además de todo esto, derrotó dos veces al imbatible número 1 del mundo Roger Federer en Indian Wells y Miami.

Agregó que personal del torneo le adquirió los medicamentos con el aval de la ATP.

Tiene revancha en el challenger de Quito, Ecuador donde derrota al mexicano Bruno Echagaray por 6-7 6-1 7-5, al también mexicano Santiago González por 4-6 6-2 6-2, a sus compatriotas Horacio Zeballos por 6-1 6-2, y Brian Dabul por 6-7 6-3 6-2, antes de caer en la final con el australiano Chris Guccione por 6-3 7-6.

Vence al francés Jérémy Chardy por 6-3 6-1, y pierde en octavos de final con el austríaco Daniel Koellerer por 7-6 6-4.

En el cuadro principal queda eliminado en la primera ronda al caer con el francés Fabrice Santoro por 5-7 6-3 6-2.

Semejante recuperación hacen que Cañas sea convocado por Luli Mancini para disputar la serie de Copa Davis ante Austria en Linz, correspondiente a la primera ronda del grupo mundial.

A continuación se presenta en el ATP de Costa Do Sauipe, donde se mete en la final tras superar al brasileño Marcos Daniel por 6-1 6-4, al español Albert Portas por 6-4 6-0, y a los argentinos Agustín Calleri y Juan Ignacio Chela por idéntico marcador de 7-6 6-1.

En el partido decisivo derrota al español Juan Carlos Ferrero por 7-6 6-2 para ganar el séptimo torneo ATP de su carrera.

Consigue la victoria más resonante desde su regreso cuando vence a David Nalbandian, número 10 del mundo, por 6-4 6-4; pero queda eliminado al caer con el peruano Luis Horna por 4-6 6-2 6-2.

Sin embargo, tras la hazaña, Cañas queda eliminado en su siguiente partido al caer con el español Carlos Moyá por 6-4 6-4.

En semifinales derrota al argentino Agustín Calleri por 7-6 6-7 6-2, pero cae en la final con el español Rafael Nadal, que logra su victoria consecutiva número 72 sobre polvo de ladrillo, por 6-3 6-4.

Asciende 6 lugares en el ranking y queda en la posición 22, logrando prácticamente el objetivo que se había propuesto recién para finales de temporada.

A continuación se presenta en Múnich, pero por problemas físicos debe abandonar en la primera ronda cuando le ganaba por 6-4 1-2 al francés Nicolas Devilder.

La semana siguiente participa en el Masters Series de Hamburgo, esta vez directamente en el cuadro principal, y queda eliminado en su debut al caer con el argentino Juan Ignacio Chela por 6-1 4-6 6-1.

Actualmente Guillermo Cañas reside en Miami, lugar donde ha creado su propia academia de tenis, Canas Tennis Academy.