También recibió el honor como deportista de 2005 Chipre Hombre del Año por sus logros.

Tras derrotar a los top-20 Ivan Ljubičić y Tommy Robredo en la segunda y tercera ronda, respectivamente, cayó frente a Roger Federer en la cuarta ronda, no sin antes ganarle uno de los sets del enfrentamiento en una muerte súbita.

En el 2006, Baghdatis aturdió el mundo del tenis con su triunfante entrada en la final del Abierto de Australia en Melbourne, tras sus grandes victorias contra el estadounidense Andy Roddick, el croata Ivan Ljubičić y el argentino David Nalbandian, sucumbiendo en la final ante el suizo número 1 del mundo Roger Federer.

Además llegó a las semifinales del torneo de Wimbledon, cayendo frente al español Rafael Nadal.

Luego, por esta acción la ATP decidió multarlo y tuvo que pagar 1200 dólares.