A principios del siglo XIII, con la península ibérica inmersa en las guerras de Reconquista que enfrentaban a cristianos y musulmanes por el control del territorio, se fraguó una alianza entre los reyes Alfonso VIII de Castilla, Sancho VII de Navarra y Pedro II de Aragón, que ayudados por cruzados europeos y auspiciados por el papa Inocencio III reunieron un considerable ejército con el que presentar batalla a las tropas almohades del califa de Al-Ándalus Muhammad An-Nasir, llamado Miramamolín.
[26] Otra hipótesis acerca del personaje es la que le identifica con el madrileño San Isidro Labrador.
Sin embargo esta es una historia surgida a partir de la canonización del santo: todos los historiadores que escribieron sobre la batalla antes de la fecha en la que se iniciaron oficialmente los trámites ante la Santa Sede (1593) hacen referencia al personaje como a un pastor, un enviado de Dios o ambas cosas a la vez, u omiten su presencia, pero ninguno de ellos le identifica con San Isidro.
Se supone que el arca donada por Alonso VIII estaba decorada con varias escenas de la vida del santo, entre ellas la de su presencia en Las Navas; si esto fuera así, sería la demostración de que el rey reconoció efectivamente al pastor en el cuerpo del santo.
Tras la canonización, el arca supuestamente original fue llevada al Palacio Arzobispal de Madrid, pero en 1629 Jerónimo de Quintana anotaba la presencia de la escena de Las Navas en el arca en la iglesia de San Andrés[33] apoyándose en Bleda, que no lo menciona; en 1772 el arca no estaba en su sitio, según Antonio Ponz;[92] en 1786 José Antonio Álvarez Baena aseguraba haber visto el arca y la escena referida en la misma iglesia,[68] pero cuatro años más tarde Manuel Rosell describía minuciosamente el arca sin hallar la escena.
[69] En 1993 el arca fue restaurada y trasladada a la catedral de la Almudena donde todavía se conserva; no se encuentra en ella la escena en cuestión, pero según estudios recientes no es ésta la original, ya que por su estilo se considera perteneciente al reinado de Alfonso X, que comenzó cuarenta años después del de su bisabuelo Alonso VIII.
[103][104] Si entre las filas musulmanas tuvieron lugar hechos similares, es cosa que se desconoce.