[3] Sus únicas obras conocidas fueron la Comedia llamada Selvagia: en que se introduzen los amores de un cavallero llamado Selvago con una ilustre dama dicha Ysabela, efetuados por Dolosina, alcahueta famosa (Toledo: Joan Ferrer, 1554),[4] una Vida de San Isidro Labrador (Madrid, 1592), una Vida de San Tirso (Toledo, 1592) y un Flos sanctorum en seis volúmenes; se ha perdido una colección de cuentos varios manuscritos que alcanzó a leer Tomás Tamayo de Vargas.
La Comedia selvagia fue compuesta durante sus tiempos de estudiante, con veinte años, aunque ya era clérigo sacristán, con órdenes menores, de la capilla mozárabe, y fue publicada en 1554.
Como su modelo, lleva unos versos acrósticos iniciales, donde se declara el autor y su edad: Narra los amores de un caballero llamado Selvagio con una ilustre dama llamada Isabela, amores en los que media la alcahueta Dolosina, nieta de la Claudina amiga y compañera de Celestina e hija de Parmenia.
Esos amores juveniles con Isabel de Barrionuevo, de que es quizá reflejo la obra, no fueron a más y Villegas se refugió en la vida religiosa y devota, ordenándose sacerdote.
Por eso su segunda obra fue un popular Flos sanctorum,[8] seis volúmenes impresos entre 1578 y 1589 con las vidas de Jesucristo, María santísima, los doce Apóstoles, todos los santos a que reza la Iglesia católica, los patriarcas y profetas del Antiguo Testamento, los llamados Santos extravagantes (los que no figuran en el Breviario romano todavía) y muchos otros varones eminentes en virtud.