Otro hermano era Juan de Covarrubias, canónigo en la Catedral Vieja de Salamanca, quien ayudó a Sebastián en sus estudios y para ser canónigo racionero (con derecho a renta) en la misma catedral.
Una vez ordenado sacerdote, su tío renunció en su favor a la canonjía.
En 1610 Sebastián enfermó gravemente, pero se recuperó e imprimió una obra clásica de la literatura emblemática, los Emblemas morales (1610).
Aunque la parte etimológica de este diccionario ha sido ampliamente superada, el Tesoro de Covarrubias es obra de un humanista y no se contenta con dar escueta y seca mención de las acepciones de una palabra, sino que diserta con gracia y erudición sobre ellas y aporta refranes, modismos, anécdotas y citas literarias que contienen el término.
En 1673 el padre Benito Remigio Noydens reimprimió el Tesoro con adiciones de su propia cosecha.