Para ese momento los equipos que dominaban tanto a nivel local como nacional habían surgido en la década de 1880, entre ellos el Eintracht Fráncfort.El nuevo entrenador Hans Tauchert no fue capaz de repetir los viejos éxitos del club y en 1934 fue reemplazado por Ludwig Hofmann.Al año siguiente Conny Heidkamp pasa a ser jugador-entrenador para afrontar la ronda final del campeonato alemán.Con los años, un partido de la selección alemana sin ningún jugador del Bayern se convirtió en algo poco usual.En octavos se enfrentaron al Drumcondra de Irlanda donde consiguieron un abultado marcador en la ida tras ganar 6:0, mientras que en la vuelta cayeron derrotados por la mínima.Maier, Beckenbauer y Müller conformaron el llamado «eje», que posteriormente llevaría al Bayern a la fama mundial.La copa volvió a llevársela un club alemán, luego de que la temporada pasada el Borussia Dortmund lo consiguiera.En su primer año como entrenador, Zebec llevó al Bayern a ganar la liga y la copa por primera vez en la historia del club.Después del 1:1 en la ida, Gerd Müller sentenciaría al Madrid con un doblete para ganar 2:0, por lo que el club jugaría su tercera final de manera consecutiva.[51] Sus sucesores como entrenadores —el italiano Giovanni Trapattoni y alemán Otto Rehhagel— terminaron sin trofeos después de la temporada, no cumpliéndose las altas expectativas del club.[63][64] El Bayern finalmente terminó en segundo lugar, y así se clasificó directamente para la Liga de Campeones 2009-10.[89] Sin embargo, las semifinales de la Champions League se convirtieron en una barrera insuperable, siendo eliminado tres veces consecutivas por equipos españoles.El club ganó dos títulos más de Bundesliga, pero nuevamente tuvo dificultades en Europa, quedando fuera en cuartos y semifinales.Este periodo también vio la despedida de leyendas como Philipp Lahm y Xabi Alonso, quienes cerraron sus carreras tras contribuir al éxito del club.En los años anteriores los derechos de la camiseta fueron sostenidos por Adidas (1974–78),[113] Magirus Deutz e Iveco (1978–84),[114] Commodore (1984–89), Opel (1989–2002),[115] y Deutsche Telekom (2002-presente).[121] Hasta la Segunda Guerra Mundial el estadio era propiedad del 1860 Múnich, y es todavía conocido coloquialmente como «Sechz'ger Stadium».Algunos de los que pasaron por la academia fueron Owen Hargreaves, Michael Rensing, Bastian Schweinsteiger, Philipp Lahm, Holger Badstuber y Thomas Müller.[144] De esta residencia han salido jugadores como Holger Badstuber, Bastian Schweinsteiger, Owen Hargreaves, Piotr Trochowski o Sammy Kuffour, siendo David Alaba el último jugador que ha logrado dar el salto al primer equipo desde la residencia de la cantera tras firmar su primer contrato profesional en la temporada 2010-11.Igualmente la lista de jugadores legendarios del club elegidos por la FIFA la completan: Maier, Beckenbauer, Müller, Schwarzenbeck, Breitner, Rummenigge, Augenthaler, Matthäus, Schweinsteiger, Scholl, Kahn, y Élber.[160] La siguiente tabla muestra todos las apariciones y goles en partidos oficiales con el primer equipo del Bayern de Múnich.Las nacionalidades principales de los entrenadores no alemanes han sido la húngara (6), inglesa (5), austriaca (4), neerlandesa (3), croata (3), italiana (2), danesa (1), escocesa (1), española (1), belga (1), y francesa (1).[175] A diferencia de otros clubes europeos que han dirigido su enfoque principalmente hacia audiencias internacionales, Bayern ha centrado su atención en Alemania.[192] La salvadora intervención del Bayern contribuyó a «aflojar la soga» y el Borussia pudo rehacerse hasta encauzar de nuevo sus finanzas en 2005.Hans-Joachim Watzke, presidente del Dortmund, ha confesado en más de una ocasión su agradecimiento «eterno» a su homónimo Uli Hoeneß y al Bayern por su aportación en unos momentos tan delicados.[196] Igualmente, en años anteriores ayudaron del mismo modo al Carl-Zeiss Jena (2011), Darmstadt (2008), San Pauli (2003), Hertha de Berlín (1995), Eintracht Fráncfort, Fortuna Sittard y el ya citado 1860 Múnich.A pesar de la rivalidad, el Bayern ha apoyado repetidamente al 1860 Múnich en años donde este último tuvo crisis financiera.[110] Para Matthias Sammer, exdirector deportivo del club: «Si caemos mal es porque otros intentan ser simpáticos y nosotros, simplemente, queremos ganar».[247] El Bayern siempre ha contado con una buena cantera de jugadores, y es que la senda la han marcado algunas leyendas del club como Franz Beckenbauer, Sepp Maier, Philipp Lahm, Thomas Müller, Bastian Schweinsteiger, entre otros.[248] Maier, Georg Schwarzenbeck, Beckenbauer, Klaus Augenthaler, Müller, Lahm y Schweinsteiger, hasta la fecha son los únicos canteranos que han disputado más de 500 partidos con el club.«los rojos»— no se dieron por vencidos y en 2008 puso en marcha un proyecto para traer de nuevo la vieja gloria del club.
Maqueta del Leopoldstraße, el primer estadio donde jugó el club y su casa desde 1906 a 1924.