Colaboró con dos goles, ambos en la semifinal, y cuatro asistencias en el torneo, ayudando a que su selección se convirtiera en la primera europea en ser campeona en suelo americano.

[10]​ Ascendió al primer equipo filial, con quien disputó la Regionalliga Süd, cuarta división del fútbol alemán y donde militan los equipos reservas de los grandes clubes profesionales del país.

Sus actuaciones fueron evaluadas por Gerd Müller y Franz Beckenbauer, quienes decidieron llevarlo al primer equipo.

[15]​ Kroos terminó su primera temporada con 20 partidos con el Bayern, incluyendo seis como titular.

También anotó tres goles en 12 partidos con el Bayern de Múnich II en la Liga Regional Süd.

Durante la temporada 2008-09, Kroos hizo 13 apariciones para el Leverkusen entre todas las competiciones, anotando un gol.

[25]​ Como el miembro más avanzado de un centro del campo en el que también estaban Schweinsteiger y Javi Martínez, Kroos marcó tres goles en cuatro partidos de la Bundesliga en la apertura del año.

[30]​ Con su incorporación se convirtió en el noveno alemán en fichar por los madrileños tras Günter Netzer, Paul Breitner, Uli Stielike, Bernd Schuster, Bodo Illgner, Christoph Metzelder, Mesut Özil y Sami Khedira.

El esfuerzo y las pocas rotaciones diezmaron el rendimiento tanto del equipo como del jugador haciéndose notable desde enero de 2015, y causando que el equipo no fuese capaz de ganar ya ningún título hasta fin de temporada pese a que los tenía todos al alcance.

[34]​ Terminó su primera temporada con 2 goles y 15 asistencias en 55 partidos jugados, y dio más de 2300 pases con una efectividad superior al 90% reafirmándose en su primera temporada en España como uno de los mejores centrocampistas del continente.

[39]​ El irregular comienzo del equipo, con fallos en partidos clave del campeonato avocaron en la destitución de Benítez y que no pudieran disputar el título de liga pese a cerrar el campeonato con una racha de doce victorias consecutivas logradas junto a Zinedine Zidane.

[42]​[43]​ Fruto de la asociación y al alto acierto ofensivo del equipo, comandado por Cristiano Ronaldo, los dos años siguientes lograron repetir conquista en la Liga de Campeones, obteniendo el duodécimo título madridista tras derrotar 4-1 a la Juventus Football Club en la final del Millennium Stadium de Cardiff, y el decimotercero tras la victoria por 3-1 ante el Liverpool Football Club en Kiev.

[44]​ El trío fue la piedra angular en la que se sustentó el equipo,[43]​ y fue parte responsable de que el club firmase en esos años una nueva época dorada en su historia a nivel deportivo tras la acontecida con el «Madrid de Di Stéfano»,[45]​ y logró tres títulos continentales seguidos, cuatro en cinco años,[46]​[47]​ que junto al resto de competiciones supusieron un total de nueve títulos en apenas dos años.

[50]​[51]​ Varios jugadores fueron criticados por su mala temporada, entre los que estuvo Kroos al ser el referente en la construcción del juego,[52]​[53]​ escenificado y señalado junto al trío medular que conforma.

[58]​ Una nueva reestructuración táctica en la que fue parte activa la inclusión del joven Fede Valverde acentuó su patente mejoría respecto a la temporada anterior y le permitió recuperar su gran momento,[59]​[58]​ el cual quedó reflejado por la empresa de análisis en rendimiento deportivo y scouting InStat.

Esta le señaló como el segundo mejor mediocentro ofensivo en España en relación con sus aportaciones en los minutos disputados durante la temporada, por detrás de Martin Ødegaard, donde sus compañeros Modrić y Valverde también fueron calificados dentro de los diez mejores en su puesto.

[61]​ Tras la reanudación del campeonato por su suspensión temporal debido a una pandemia global vírica,[62]​ y tras la pérdida momentánea del liderato, el equipo encadenó una nueva racha de diez victorias en los partidos que le quedaban por disputar y logró finalizar como campeón.

[67]​Al año siguiente volvió a disputar el campeonato, celebrado esta vez en Bélgica.

Anotó tres goles en cuatro partidos que le valieron para obtener la Bota de Oro y un quinto puesto final, confirmándose como una de las grandes promesas del fútbol europeo.

Posteriormente, y tras haber destacado en los europeos, le llegó el turno de disputar una Copa del Mundo.

Al finalizar este evento, en el que finalizó tercero, Kroos fue nombrado nuevamente como Balón de Oro y Bota de Bronce del torneo, tras anotar cinco goles en seis partidos.

Sus buenas actuaciones le convirtieron en un jugador habitual en las convocatorias del combinado, y para finales de ese año comenzaba a tener sus primeras alineaciones como titular.

La primera fue jugando para Alemania en la Copa del Mundo 2014 al derrotar a Argentina por 1–0 en la final, y la segunda fue con el Real Madrid en el Mundial de Clubes 2014, al derrotar a San Lorenzo de Almagro por 2–0 en la final.