En los años 1990, el club seguía siendo un humilde equipo amateur que jugaba en la séptima división de la Baden-Württemberg A-Liga.

Sus contribuciones dieron resultado casi de inmediato, en 2000 el Hoffenheim terminó primero en la Verbandsliga y ascendió a la cuarta división (Oberliga Baden-Württemberg).

Luego, otro primer lugar aupó al club hasta la Regionalliga Süd (III división) para la temporada 2001-02, el equipo finalizó en 13 posición dando lugar en su primera temporada en la Regionalliga, pero mejoraron su rendimiento considerablemente al año siguiente, logrando un quinto puesto.

En el 2005 hubo negociaciones para fusionar al 1899 Hoffenheim con el FC Astoria Walldorf y el SV Sandhausen para crear el FC Heidelberg 06, sin embargo, el proyecto se desechó debido a la resistencia de estos últimos y el desacuerdo sobre si la localización del estadio del nuevo club en Heidelberg o Eppelheim.

Este hecho afectó negativamente el rendimiento del club en la segunda vuelta, donde apenas ganó partidos y fue goleado en casa en más de una ocasión.

En 2006 el 1899 Hoffenheim confirmó sus ambiciones cuando la dirección del club decidió construir un nuevo estadio, el Rhein-Neckar-Arena con capacidad para 30.150 espectadores, apropiado para recibir partidos de la Bundesliga.

Entrenador(es) Christian IlzerAdjunto(s) Dominik Deutschl Uwe HölzlEntrenador(es) de porteros Marco Angeler