Actualmente dirige al VfB Stuttgart de la Bundesliga alemana.
[1][2] Hoeneß comenzó su carrera como entrenador en el equipo sub-19 del Hertha Zehlendorf desde 2011 hasta 2013.
En 2019 fue nombrado entrenador del Bayern de Múnich II, recién ascendido a la 3.
Liga 2019-20, primer título de esta categoría para el equipo reserva.
Sebastian Hoeneß es hijo de Dieter Hoeneß, exfutbolista e internacional por Alemania, y es sobrino de Uli Hoeneß, también exfutbolista, seleccionado alemán y presidente del Bayern de Múnich.