Nacido en Oberaudorf en el distrito de Rosenheim, es abogado y miembro, desde 1974, del gobierno bávaro.

Además, abogó por condiciones más restrictivas para otorgar el asilo que tiene un tratamiento mucho más liberal en Alemania y la Unión Europea (UE) que otras potencias como los Estados Unidos o Japón.

Sin embargo, en las elecciones generales del 22 de septiembre de 2002 no logró la mayoría necesaria, por lo que Stoiber tuvo que renunciar a sus aspiraciones y la cancillería se mantuvo en poder del socialdemócrata Gerhard Schröder.

Stoiber no fue finalmente el candidato a la cancillería en las elecciones de 2005, ya que para ello se nombró a la presidenta de la CDU, Angela Merkel, la actual canciller.

Sin embargo, cuando en Múnich ya se estaban perfilando los posibles candidatos para sucederle como presidente de gobierno de Baviera, Stoiber se retractó en el último momento y decidió seguir en su cargo anterior, una decisión que provocó incomprensión y malestar en una buena parte de las bases de su partido.