[7]​ En 2016, luego de la Eurocopa, sucedió a Bastian Schweinsteiger como capitán del seleccionado teutón.

Hizo su debut en la Bundesliga sustituyendo a Frank Rost en el partido correspondiente de la jornada 2, en la temporada 2006-07.

A los 20 años, ganó el puesto de titular cuando Rost fue excluido del equipo.

[10]​ Sin embargo, su buena actuación en la Eurocopa sub-21 despertó el interés del Bayern de Múnich.

[13]​[14]​ Rápidamente se hizo con la titularidad en la portería del conjunto bávaro.

[18]​ En la Liga de Campeones de la UEFA 2012-13, al Bayern le tocó en el grupo F junto al Valencia CF, Lille OSC y FC BATE Borisov.

En los cuartos de final, se enfrentaron a la Juventus y ganaron por 2-0.

Jugaron frente al FC Barcelona y golearon 4-0 en la ida.

Ganaron 0-3 en la vuelta y consiguieron el pase a la final frente al Borussia Dortmund.

Neuer fue incluido junto a jugadores como Iker Casillas, Lionel Messi, Cristiano Ronaldo, Radamel Falcao o Neymar.

El 7 de enero de 2014, la IFFHS nombró a Neuer como el Mejor Portero del Mundo de 2013, superando en las votaciones a Gianluigi Buffon, Petr Čech y Thibaut Courtois, que quedaron en segundo, tercero y cuarto lugar, respectivamente.

[22]​ Fue avanzando por las categorías inferiores de la selección alemana hasta llegar a la sub-21, con la que ganó la Eurocopa Sub-21 de 2009 en Suecia donde fue figura al recibir un solo gol en todo el campeonato.

Se jugaron el tercer puesto ante Uruguay, que cayó por 3-2 ante los Países Bajos.

Ganaron 2-3 quedando terceros por detrás de España y Países Bajos.

Alemania fue asignada al grupo J junto a Portugal, Dinamarca y los Países Bajos.

Ganaron por 3-0 a Kazajistán con goles de Schwensteiger, Götze y Müller.

[23]​[24]​ Fue ratificado entre los 23 jugadores que viajarán a Brasil el 2 de junio.

[25]​[26]​[27]​ El 16 de junio Alemania debuta en la Copa Mundial de Fútbol en Brasil 2014, en el grupo "G" el que comparten con Portugal, Ghana y Estados Unidos, encuentro en el que los germanos golean (4-0) a la selección comandada por Ronaldo con goles de Müller al minuto 11' Hummels a los 32' repitiendo Müller a los 46' y a los 78', Neuer tuvo un buen desempeño aunque casi no fue puesto a prueba, luego el 21 de junio remontan en oportunidad ante Ghana rescatando un empate a (2-2) con goles Götze al minuto 51' ponía el 0-1 Ayew minuto 54' empataba para Ghana 1-1, más tarde los de Ghana pondrían la sorpresa al anotar el 1-2 obra de Gyan a los 63' para que finalmente los germanos hicieran entrar a su leyenda Klose al que le bastaron 2 minutos sobre el césped para poner el definitivo empate en el minuto 71', finalmente cierran la fase de grupos el 26 de junio frente a Estados Unidos encuentro que termina a favor de los germanos por un (1-0) anotado por Müller en el minuto 53', clasificando así en el primer lugar del grupo con 7 puntos, seguidos por Estados Unidos con 4 que igualaba con Portugal pero la diferencia de goles deja fuera a los lusos.

Ya instalados en los octavos de final, se cruzan con Argelia, equipo muy físico y ordenado, que los lleva hasta el alargue al terminar los 90' sin goles.

En ese juego la defensa teutona jugó muy adelantada, con lo que Neuer protagonizó una gran actuación, saliendo muchas veces fuera de su área para cortar los ataques del equipo africano.

[30]​ Alemania tuvo una actuación para el olvido en dicho Mundial, quedando eliminada en fase de grupos por primera vez en su historia.

[33]​[34]​ Estudió en Gesamtschule Berger Feld, una escuela de Gelsenkirchen, Alemania.

Allí también estudiaron otros futbolistas como Mesut Özil, Alexander Baumjohann, Benedikt Höwedes, Sebastian Boenisch, Tim Hoogland, Michael Delura, Julian Draxler, Joel Matip y Alexandra Popp.

Tiene un hermano llamado Marcel que es árbitro de fútbol en la Verbandsliga.

También es aficionado al tenis y es miembro de TG Gold-Weiß Gelsenkirchen.

Aunque se le reconoce públicamente heterosexual, Neuer ha contribuido a la lucha contra la homofobia en el fútbol.

[45]​ El 12 de julio de 2012, se anunció que Neuer junto a Kaká y Ana Ivanovic, iban a ser los protagonistas del juego Adidas MiCoach para las consolas XBOX 360 y PS3.

[46]​ Manuel Neuer prestó su voz para el doblaje alemán de la película animada Monsters University (2013), donde interpretó al personaje Frank McCay.