Por el norte, Felipe II de Francia mantenía su propia guerra contra los Plantagenet ingleses en Aquitania, en tanto el papa Inocencio III intentaba unir a todos los príncipes cristianos en una nueva cruzada.
Rodrigo volvió en 1203 a Navarra, donde su padre le introdujo en la corte de Sancho VII, del que pronto se convirtió en privado.
Se supone que en estas fechas ya había recibido las órdenes religiosas al menos hasta el grado de diácono.
Los acuerdos de paz firmados entre los reinos cristianos durante la primera década del siglo fueron la ocasión que la iglesia católica había estado esperando para unirlos a todos en una nueva cruzada contra los almohades, que por su parte amenazaban con marchar hacia el norte.
Sucedió al rey Alfonso su hijo Enrique, de tan solo diez años, tutelado por su hermana Berenguela, que asumió la regencia del reino.
En 1215 asistió al IV Concilio Lateranense, cuyo punto más importante fue la organización de una nueva cruzada en Oriente; la intervención de Rodrigo consiguió el permiso papal para que los reinos peninsulares llevaran a cabo su propia guerra santa en territorio español contra los almohades, distrayendo así a las fuerzas musulmanas del centro bélico en Tierra Santa.
Dos años después viajó otra vez a Roma para dirimir el pleito sobre la primacía de su sede, que quedó nuevamente sobreseído.
Abandonando la campaña, ambos marcharon a León, donde tras solventar las discordias habidas por la sucesión, ambos reinos quedaron unidos bajo la Corona de Castilla.
La excomunión sería anulada poco después por el papa; la diócesis valentina, que en primera instancia fue concedida al toledano en un juicio celebrado en Tudela en presencia de ambos arzobispos, varios años más tarde quedó definitivamente para el tarraconense tras la apelación a la Santa Sede.
Bajo el auspicio de Fernando III reunió una copiosa biblioteca, que legada a Huerta tras su muerte, desapareció cuatro siglos después en un incendio.
Fundamentalmente, su mérito reside en que utiliza un método crítico como historiador, cuestionando inteligentemente sus fuentes, haciendo uso de la documentación y recurre a fuentes árabes para contrastar sus datos (aspecto sumamente valioso, pues entonces solo la historiografía árabe prestaba aprecio al ámbito económico y social).
Asimismo escribió una interesantísima Historia arabum,[19] excepcional en la época por su atención a la cultura arabo-islámica, y una Breviarium Eccliesiæ Catholicæ, o Expositio Catholica Scripturæ, una historia sagrada inédita hasta la fecha, que abarca desde la creación del mundo hasta la separación de los apóstoles.