Junto a Villacarrillo, Villanueva del Arzobispo y Sorihuela del Guadalimar, Iznatoraf es una de las “cuatro villas” que dan nombre a las sierras de la zona.

Se calcula que en el III milenio a. C. el asentamiento en este lugar servía para controlar el camino hacia las zonas mineras de Sierra Morena.

Como en otros casos de la provincia, no fue conquistada por las armas, sino por la negociación.

Una vez repoblado, se concedió a Iznatoraf el fuero de Cuenca.

Con el avance de la Reconquista, su posición pierde importancia desde el punto de vista militar, pero cobra fuerza como centro económico, hasta tal punto que la población desborda pronto sus murallas y se establece en el llano.

Es muy probable que esta antigua iglesia sea la mezquita mayor de la medina musulmana que sacralizó tras la conquista el obispo Rodrigo Jiménez de Rada junto con Fernando III El Santo.

La capilla mayor que destaca por su gran amplitud, es un espacio rectangular que se cubre con una bóveda de media naranja sobre pechinas con el escudo del obispo de Jaén, Sancho Dávila Toledo.

Destaca la sacristía con sus cajoneras vinculables a Esteban Jamete, bellos ternos del siglo xvi y vasos eucarísticos.

La imagen del patrón es muy llamativa, se trata de un crucificado al que se le añade un dosel con campanas y la representación de la luna y el sol, que simboliza a Cristo triunfante sobre las tinieblas.

La imagen se cubre con el tradicional faldellín barroco; la talla fue adquirida en Madrid, viniendo a esta villa en 1940, para sustituir a la antigua imagen del siglo xvi que había sido profanada en la contienda civil.