Para recaudar los fondos económicos necesarios estableció que tanto el papa como los cardenales contribuirían a la causa, durante tres años, con la décima parte de sus rentas, mientras que el clero restante aportaría la vigésima parte.

Enrique rindió homenaje a la Santa Sede y reconoció al romano pontífice como señor feudal.

[3]​ El cardenal Guala declaró que la guerra de Enrique III contra los rebeldes era una cruzada religiosa.

Siendo un hombre de estudios, Honorio III insistió en que el clero debía recibir una educación, sobre todo en teología.

Por este motivo destituyó a obispos que no presentarán los debidos conocimientos para realizar su cargo.

[3]​ Concedió asimismo diversos privilegios a las dos principales universidades de la época: París y Bolonia.

Excomulgó al rey Alfonso II de Portugal por sus políticas en contra del clero.

Alfonso II prometió rectificar sus errores contra la iglesia pero murió en 1223 sin haber hecho ningún esfuerzo para cambiar su política.