[1]​ Los primeros años de su reinado estuvieron marcados por los violentos enfrentamientos internos entre Alfonso y sus hermanos y hermanas, que se resolvieron al confiscar los bienes y el exilio a Castilla de la mayoría de ellos.

Alfonso II no protestó por las fronteras con León ni intentó la expansión hacia el sur, pero sí consolidó la estructura económica y social del reino.

El primer conjunto de leyes portuguesas es obra de este rey y conciernen principalmente a temas como la propiedad privada, el derecho civil y la acuñación de moneda; se enviaron embajadas a diversos países europeos con el objetivo de establecer tratados comerciales.

Esta actitud provocó un conflicto diplomático entre el Papado y Portugal.

Tras haber sido excomulgado por el papa Honorio III, Alfonso II prometió rectificar sus errores contra la iglesia pero murió en 1223 sin haber hecho ningún esfuerzo para cambiar su política.