A Famke Janssen se le considera superdotada, por tener un cociente intelectual de 140.
En ese mismo año se le ofreció el papel de Jadzia Dax en Star Trek.
Su primer papel en este medio fue junto a Jeff Goldblum, en el drama criminal Fathers & Sons.
En el año 2000, Famke Janssen se metió en los Estudios Marvel, interpretando a la superheroína Jean Grey en X-Men.
La fama desatada por esta película, tanto entre los fanáticos del cómic como entre los que no lo eran, fue total, llevando a Famke al podio de las féminas más deseadas.
Para ese papel, Famke gana el Premio Saturn a la mejor actriz de reparto.
En 2007 actuó en Turn the River, con el que obtuvo el Premio a la Mejor Actriz en el Festival Internacional de Cine Hamptons.
También protagoniza, junto a Jessica Alba, Paul Rudd, Winona Ryder y varios más la comedia The Ten, diez historias inspiradas en los 10 mandamientos.
En 2008 tiene una pequeña participación (interpretando a Leonore Mills) en la película de acción Taken, protagonizada por Liam Neeson.
También vemos a Famke en la serie web Puppy Love y, en 2009, en The Farm, una película para la televisión.
A mediados del año 2010 protagoniza la película dramática The Chameleon, basada en hechos reales.
Más tarde, también aparece en la película Hansel and Gretel: Witch Hunters, haciendo de la bruja Muriel.
Más adelante, Janssen fue narradora en el documental sobre la transformación de la Humanidad, Unity, junto a numerosos actores, músicos, deportistas, empresarios, etcétera.
En septiembre del mismo año, Famke obtuvo el papel de Eve Rothlow en la serie How to Get Away with Murder, protagonizada por Viola Davis, actriz nominada al Oscar dos veces.
Actualmente, Famke Janssen tiene un rol recurrente en la exitosa serie The Blacklist, como Susan Hargrave.
Comparte elenco en la película All I Wish con Sharon Stone y en el año 2018 junto a Cuba Gooding Jr., protagoniza Louisiana Caviar.