En Tokio, Logan conoce al hijo de Yashida, Shingen, y su nieta, Mariko.

En el funeral, unos gánsteres Yakuza disfrazados como los asistentes del funeral intentan secuestrar a Mariko, pero Logan y Mariko escapan juntos en la expansión urbana de Tokio.

Logan recibe un disparo y descubre que sus heridas no sanan tan rápido como deberían.

Mientras tanto, el guardaespaldas de Yashida, Harada, se encuentra con la Dra.

Mientras tanto, Yukio tiene una visión de Logan muriendo, y va a advertirle.

Este les confiesa que conspiró con Shingen para matar a Mariko porque Yashida dejó el control de la compañía a Mariko en su testamento, y no a Shingen, después de escuchar la versión de Mori, Logan lo lanza por la ventana haciendo que éste caiga por accidente en la piscina del hotel.

Logan lucha contra el Samurai de Plata, mientras tanto Yukio llega y mata a la Dra.

Yukio promete quedarse al lado de Logan como su guardaespaldas, y se van a lugares desconocidos.

Esta localización no fue introducida en la primera película porque Hugh Jackman sentía que antes debían establecer quién era Wolverine y como se había convertido en quien es.

[7]​ Antes del lanzamiento de Wolverine, Lauren Shuler Donner propuso a Simon Beaufoy la escritura del guion, pero él no se sentía suficientemente seguro para implicarse.

"[17]​ En noviembre de 2010, Aronofsky confirmó que el título de la película será The Wolverine y describió la película como un one-off más que una secuela, ya que no tendría nada que ver con la película anterior de Wolverine[18]​ Ese mismo mes, Fox Filmed Entertainment envió una nota de prensa diciendo que habían firmado con Darren Aronofsky y su productora Protozoa Pictures para un nuevo acuerdo global de dos años donde Protozoa desarrollaría y produciría películas tanto para 20th Century Fox como Fox Searchlight Pictures.

[21]​ Después de una intensa búsqueda se anunció a James Mangold como nuevo director, este ya había dirigido a Hugh Jackman en 2002 en Kate & Leopold.

Finalmente esta fecha tampoco fue viable debido a los conflictos de rodaje que suponía para que Hugh Jackman pudiera unirse al reparto Los miserables.

[24]​ En julio comenzó el proceso de casting y se anunció la incorporación de Hiroyuki Sanada, Hal Yamanouchi, Tao Okamoto, Rila Fukushima,[25]​ Will Yun Lee y Brian Tee[26]​ a la película.

La última en incorporarse a la película fue la actriz rusa Svetlana Khodchenkova como Viper después de que Jessica Biel aparentemente rechazara interpretar el personaje.

[31]​ Empire Magazine dijo: "Todo esto es muy alentador, del director James Mangold, un hombre que, obviamente, no tiene miedo de ajustar el material original para servir a sus propios fines.

[44]​ En el Blu-ray de la película, aparece un final alternativo que supone una ligera ampliación del original.

En el final alternativo, Wolverine y Yukio se encuentran en el avión a punto de despegar y justo después de que Yukio le pregunte a donde quiere ir y se proclame su guardaespaldas le entrega una caja, cuando Logan la abre contiene el icónico traje amarillo de Wolverine de los cómics.

[50]​ En noviembre de 2013, se informó de que 20th Century Fox había comenzado las negociaciones con Jackman y Mangold para regresar a una tercera película protagonizada por Wolverine en solitario.

Mangold está negociando ahora con Lauren Shuler Donner para que vuelva a producir la nueva entrega.