Tras su debut cinematográfico en Lucas (1986), Ryder saltó a la fama cuando interpretó el papel secundario de Lydia Deetz en Beetlejuice (1988).

Su trabajo posterior incluyó papeles protagónicos en Reality Bites (1994), Cómo hacer una colcha americana (1995), The Crucible (1996), Alien Resurrection (1997), Celebrity (1998), Girl, Interrupted (1999), Autumn in New.

[14]​[15]​Al crecer, visitaba a sus abuelos paternos en Brooklyn para la festividad judía de Pesaj todos los años.

Como la remota propiedad no tenía electricidad ni televisores, Ryder comenzó a dedicar su tiempo a la lectura y se convirtió en una ávida fanática de El guardián entre el centeno de JD Salinger.

[20]​ Cuando tenía diez años, Ryder y su familia se mudaron a Petaluma, California Durante su primera semana en Kenilworth Junior High, fue intimidada por niños que la confundieron con un chico afeminado.

Ese mismo año estuvo a punto de ahogarse, lo que le provocó acuafobia.

Un tiempo después, el director Tim Burton la llamó para actuar en Beetlejuice, luego de quedar impresionado por su actuación en Lucas.

[29]​ En la película, interpreta a una adolescente gótica que sufre de depresión, Lydia Deetz, cuya familia se muda a una casa llena de fantasmas, interpretados por Geena Davis, Alec Baldwin y Michael Keaton.

Una vez aceptado este papel, su representante la advirtió de que no lo hiciera porque, según él, «destruiría su carrera».

[31]​ Pero se equivocaba, ya que según el diario Washington Post, Ryder era «la actriz de Hollywood más impresionantemente ingenua, Ryder... hizo que amáramos los asesinatos adolescentes, una chica brillante y divertida, con un toque de Bonnie Parker en su interior.

Esta fue una película muy importante, que recaudó 56 millones de dólares en Estados Unidos y recibió muy buenas crítica.

El tercer papel de Ryder ese año fue en la comedia-drama Mermaids, junto con Cher y Christina Ricci.

El crítico Roger Ebert del Chicago Sun-Times escribió: «Winona Ryder, en otro de sus alienados papeles, genera verdadero carisma».

En 1991, Ryder interpretó a una joven taxista que sueña con convertirse en mecánica, en la película de Jim Jarmusch Night on Earth.

[39]​ Ryder también actuó en La edad de la inocencia, con Michelle Pfeiffer y Daniel Day-Lewis, una película basada en una novela de Edith Wharton y adaptada por el director Martin Scorsese, a quien Winona considera «el mejor director del mundo».

Su papel en esta película le hizo ganar un Globo de Oro a mejor actriz secundaria[37]​ y una nominación al Oscar por la misma categoría.

[46]​[47]​ Ese año, también protagonizó la película The Crucible, junto a Daniel Day-Lewis y Joan Allen.

[49]​ Ambos roles protagonistas tuvieron muy buenas críticas, y Ryder ganó un Blockbuster Entertainment Award como mejor actriz.

El año siguiente actuó en la comedia romántica Autumn in New York, junto al famoso actor Richard Gere.

El filme se basaba en la relación entre un hombre mayor (Gere) y una mujer joven (Ryder).

Esta película tuvo variadas críticas y fue un gran éxito, ya que recaudó 90 millones de dólares en todo el mundo.

Fue un fracaso comercial, ya que Ryder se negó a hacer promoción de la película.

La segunda película fue el drama-ciencia ficción S1m0ne, en donde interpreta a una actriz muy famosa que es reemplazada por una mujer en 3D.

Ese mismo año apareció en la comedia The Darwin Awards junto a Joseph Fiennes.

[56]​ Ryder también confirmó en una entrevista para la revista Entertainment Weekly que iba a actuar en la comedia Sex and Death 101.

Winona también apareció en la comedia de David Wain The Ten, junto a Jessica Alba, Paul Rudd, Justin Theroux, Famke Janssen, Oliver Platt y Adam Brody.

[60]​ Posteriormente, junto a Robin Wright y Julianne Moore, actuó en The Private Lives of Pippa Lee.

Por un lado The Letter, película que coprotagonizó junto a James Franco,[63]​ por otro lado Frankenweenie, tercera colaboración con Tim Burton, y por otro The Iceman,[64]​ cinta basada en la historia real de Richard Kuklinski, un asesino en serie.

[84]​ Su siguiente película fue Gone in the Night, coprotagonizada por Dermot Mulroney, su coprotagonista en Cómo hacer una colcha americana.

[88]​ Ryder mantiene casas en San Francisco, Los Ángeles y Williamsburg en la ciudad de Nueva York.