[1] A nivel mundial, la mayoría de los casos en niños se debe al rotavirus.[4] Hay causas menos comunes, como otros tipos de bacterias (o sus toxinas) y parásitos.Su transmisión puede ocurrir mediante el consumo de alimentos inadecuadamente preparados, agua contaminada o a través del contacto físico con personas infectadas.[12] De estas, la mayoría se produjeron en los países más pobres del mundo.[21][11] Sin embargo, hay muchos otros agentes infecciosos que pueden causar este síndrome.[9] Ocasionalmente se han visto causas no infecciosas, pero son menos probables que la etiología viral o bacteriana.[1] Entre los virus conocidos como causantes de la gastroenteritis se incluyen el rotavirus, el norovirus, el adenovirus y el astrovirus.Esta infección usualmente se transmite por medio del agua o alimentos contaminados.[15] La especie toxigénica Clostridium difficile es una causa importante de diarrea que ocurre más a menudo en las personas mayores.[30] Cierta cantidad de protozoarios puede causar gastroenteritis, sobre todo los del tipo Giardia lamblia, aunque las especies Entamoeba histolytica y Cryptosporidium también han estado involucradas.[1] Algunas de las más comunes incluyen los medicamentos (como los AINE) y el gluten (en aquellos que padecen celiaquía).[5] Aunque se considera rara, está infradiagnosticada, especialmente en países en vías de desarrollo, donde es frecuente.[11] Cuando se debe a un agente viral, esta enfermedad normalmente desaparece en el transcurso de una semana.[26] Algunas infecciones bacterianas pueden estar asociadas a un dolor abdominal agudo y pueden persistir durante varias semanas.[26] Los niños infectados con rotavirus usualmente se recuperan por completo en un período de tres a ocho días.[1] Por lo general, la gastroenteritis se diagnostica clínicamente con base en las señales y síntomas de la persona.[16] Ya que el 10 % de los bebés alimentados con leche materna y niños pequeños desarrollan hipoglucemia, se recomienda medir la glucosa sérica en esta población.[1] En los niños, las señales más precisas de deshidratación moderada o aguda son un llenado capilar prolongado, una turgencia cutánea deficiente y una respiración anormal.[1] Se deben descartar otras causas potenciales de señales y síntomas que imitan a los que se ven en la gastroenteritis, incluyendo apendicitis, vólvulo, enfermedad inflamatoria intestinal, infección urinaria y diabetes mellitus.[42] El diagnóstico diferencial puede ser algo complicado si la persona presenta sólo vómitos o diarrea (en lugar de ambas cosas).[1] La clásica cetoacidosis diabética (CAD) se presenta con dolor abdominal, náusea y vómitos, pero no da diarrea.[1] Un estudio descubrió que al 17% de niños con CAD se les había diagnosticado inicialmente una gastroenteritis.[44][21] En la actualidad existen dos vacunas comerciales contra el rotavirus y varias más están en desarrollo.[39] En los niños pequeños se puede utilizar una sonda nasogástrica para administrar fluidos si las circunstancias así lo requiriesen.[64] Sin embargo, el uso del ondansetrón puede estar conectado a un aumento en la tasa de regreso al hospital en niños.[65] El preparado intravenoso de ondansetrón se puede administrar oralmente si el juicio clínico lo justifica.[26] La colitis pseudomembranosa, cuya causa más habitual es el uso de antibióticos, se maneja discontinuando el agente causante y tratándola con metronidazol o vancomicina.[1] Los antiespasmódicos presentan un riesgo teórico de causar complicaciones y, si bien la experiencia clínica ha demostrado que es poco probable,[42] se desaconseja utilizar estos medicamentos en gente con diarrea sanguinolenta o diarrea que se complica con fiebre.[73] La loperamida, sin embargo, no se recomienda en niños, ya que puede cruzar la barrera sangre/cerebro inmadura y causar toxicidad.[78] Se cree que las aves silvestres la introdujeron en los cerdos y no hay ningún tratamiento específico disponible.