No es absorbido bien en el tracto digestivo, por lo que la vía oral se usa para tratar la colitis pseudomembranosa, una infección intestinal.

Puede presentarse, sin embargo, ototoxicidad (sordera) que en la mayoría de los casos tiende a regresar con la suspensión del fármaco.

Su administración va asociada con frecuencia a un rash intenso y pruriginoso que cesa al suspenderla.

Este cuadro se conoce con el nombre de síndrome del cuello rojo o escaldado, en similitud al relacionado con la toxina estafilocócica.

[5]​ Otras bacterias Gram-positivas con resistencia intrínseca a la vancomicina incluyen Erysipelothrix rhusiopathiae, Weissella confusa, y Clostridium innocuum.